16S rRNA标签测序法在尘肺病患者肺部菌群多样性分析中的优化应用  

Optimization of 16S rRNA tag sequencing in analysis of pulmonary bacterial community diversity in patients with pneumoconiosis

作　　者：邓冠华 唐侍豪 陈育全[1] 侯婷[2] 王致[1] DENG Guanhua;TANG Shihao;CHEN Yuquan;HOU Ting;WANG Zhi

机构地区：[1]广州市第十二人民医院职业环境与健康重点实验室,广东广州510620 [2]南方医科大学南方医院放疗科,广东广州510515

出　　处：《职业卫生与应急救援》2022年第1期74-78,共5页Occupational Health and Emergency Rescue

基　　金：广东省医学科学技术研究基金项目(A2021318);广州市卫生健康科技项目(20201A010036);广州市卫生健康科技重大项目(2021A031003);广州市医学重点学科建设项目(2021—2023年);广州市高水平临床重点专科建设项目(穗卫函[2019]1555号)。

摘　　要：目的优化高通量16S r RNA标签测序法,有针对性地获取尘肺病患者肺部菌群结构信息。方法采集3例尘肺病患者的9份肺部肺泡灌洗液,采用十六烷基三甲基溴化铵法(CTAB)法提取肺泡灌洗液基因组DNA,扩增16S rRNA V4区域并进行NovaSeq 6000测序以及测序数据生物学分析。结果 CTAB法得到16S rRNA扩增产物符合质检,标签测序法得到的去嵌合体序列(effective tags)占比均在74.56%以上,测序深度达6 000条时渐进合理,可获取各样本物种合理的丰富度和均匀度,并注释物种,分析各层级占主导地位的优势菌属,可有效进行肺泡灌洗液菌群Alpha和Beta多样性分析。结论优化版16S r RNA标签测序法可准确分析尘肺病患者肺部菌群结构信息,也可能适用于微生物组分析、快速鉴定及耐药性分析。

关 键 词：尘肺病 微生物组 16S rRNA 肺泡灌洗液 肺部菌群 丰富度 均匀度 

分 类 号：R135.2[医药卫生—劳动卫生]