普通丝瓜GH3基因家族全基因组鉴定及表达分析  

Genome-wide identification and expression analysis of GH3 gene family of Luffa cylindrica

作　　者：曾美娟[1] 刘建汀 李祖亮[2] 陈敏氡[1] 叶新如 王彬[1] 朱海生[1] 温庆放[1] Zeng Meijuan

机构地区：[1]福建省蔬菜遗传育种重点实验室/福建省农业科学院作物研究所/福建省蔬菜工程技术研究中心,福建福州350013 [2]福建省农业科学院农业生物资源研究所,福建福州350003

出　　处：《江苏农业科学》2022年第18期82-87,共6页Jiangsu Agricultural Sciences

基　　金：福建省科技计划-省属公益类科研院所基本科研专项(编号:2020R1031002);福建省农业科学院科技创新平台专项(编号:CXPT202001);福建省农科院蔬菜遗传育种科技创新团队(编号:CXTD2021038)。

摘　　要：以普通丝瓜[Luffa cylindrica(L.)Roem.]为试验材料,基于其全基因组,对生长素酰胺合成酶基因(gretchen hagen 3,GH3)家族成员进行鉴定和生物信息学分析,并分析其在普通丝瓜长果品种、短果品种中的表达情况。结果表明,普通丝瓜全基因组中共存在14个GH3基因家族成员,暂命名为LcGH3.1~LcGH3.14,蛋白序列长度为515~843aa,相对分子量在58.366~96.406 ku之间,LcGH3.8、LcGH3.14为碱性蛋白,其他LcGH3蛋白均为酸性蛋白。LcGH3.1为稳定蛋白,其他LcGH3均为不稳定蛋白。14个LcGH3蛋白均是亲水蛋白,其中LcGH3蛋白主要含有10个基序(Motif),14个LcGH3蛋白均含有Motif 1、Motif 4、Motif5、Motif6、Motif7和Motif 9保守基序。系统进化树分析结果表明,14个LcGH3蛋白聚类在GroupⅡ、GroupⅢ2类。在普通丝瓜长果品种、短果品种商品果中,共有6个GH3基因家族成员存在差异表达,其中LcGH3.1、LcGH3.2、LcGH3.5在短果品种中的相对表达量高于长果品种,LcGH3.8、LcGH3.12、LcGH3.13在短果品种中的相对表达量低于长果品种。推测LcGH3基因家族与普通丝瓜果实发育相关,且与果长密切相关。

关 键 词：普通丝瓜 GH3家族 生物信息学分析 表达分析 

分 类 号：S642.403[农业科学—蔬菜学]