菠萝PARMS反应体系的建立  

Establishment of PARMS Reaction System for Pineapple(Ananas comosus.L)

作　　者：高云飞 林文秋[1,2] 吴青松 张秀梅[1,2] 孙伟生 刘胜辉[1,2] 姚艳丽 GAO Yunfei;LIN Wenqiu;WU Qingsong;ZHANG Xiumei;SUN Weisheng;LIU Shenghui;YAO Yanli(South Subtropical Crop Research Institute,Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences,Zhanjiang,Guangdong 524091,China;Laboratory of Tropical Fruit Biology,Ministry of Agriculture&Rural Affairs,Zhanjiang,Guangdong 524091,China;College of Tropical Crops,Yunnan Agricultural University,Pu’er,Yunnan 665099,China)

机构地区：[1]中国热带农业科学院南亚热带作物研究所,广东湛江524091 [2]农业农村部热带果树生物学重点实验室,广东湛江524091 [3]云南农业大学热带作物学院,云南普洱665099

出　　处：《热带作物学报》2023年第2期225-232,共8页Chinese Journal of Tropical Crops

基　　金：国家重点研发计划项目(No.2019YFD1000505);广东省基础与应用基础研究基金项目(No.2019A1515011088);广东省现代农业产业技术体系创新团队建设专项(No.2022KJ109)。

摘　　要：单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)广泛分布在植物的基因组中,具有丰富的DNA变异形式。基于单核苷酸多态性开发的标记被认为是极具应用前景的分子标记。五引物扩增受阻突变体系(Penta-primer amplification re-fractory mutation system,PARMS)是一种基于单核苷酸多态性的新型基因分型技术,具有通量高、准确性高、成本低和耗时短等优点。因此,建立高效、简便可行的PARMS分型技术对菠萝种质资源的鉴定、基因定位的开展以及分子辅助选择育种体系的建立具有重要意义。本研究以3份表型差异显著的菠萝种质资源为材料,基于130份菠萝种质资源的重测序数据分析结果,设计特异引物SNP31。结果显示,SNP31可将菠萝种质资源进行较好地分型,可用于后续反应体系的优化。为了建立适用于菠萝的PARMS-SNP分型体系,对PARMS的反应体积、引物浓度、DNA的提取方法和DNA浓度等参数进行优化。研究结果表明,反应体积、引物浓度以及DNA的浓度均能影响基因型信号点的荧光信号值。在较大或较小的反应体积下基因型信号点的荧光信号值均降低,最适的反应体积为6μL。随着引物和DNA浓度的增加,基因型信号点的荧光信号值增加,最佳的引物和DNA浓度分别为100μmol/L和25 ng/μL。此外,不同基因组DNA的提取方法均能对3份种质实现较好的PARMS-SNP分型。因此,PARMS-SNP分型体系的最佳反应体系为:反应总体积6μL,DNA(25 ng)1μL,PARMS mix 3μL,Primer mix(100μmol/L)0.45μL,ddH2O 1.55μL。利用65份菠萝种质资源验证该体系的准确性和稳定性,获得了较好的PARMS-SNP分型结果。本研究建立的PARMS-SNP分型体系为开展菠萝种质资源遗传多样性分析、遗传图谱的构建、基因定位及分子标记辅助选择提供基础。

关 键 词：菠萝 SNP PARMS 反应体系 

分 类 号：S668.3[农业科学—果树学]