深县猪群体遗传多样性分析及SNP特征位点挖掘  

作　　者：黄千千 张宇[1] 倪俊卿 王贵江 罗文学 骆菲 刘廷玉 李赛 周磊[1] 杜恒 张军辉 刘剑锋[1] 

机构地区：[1]中国农业大学动物科学技术学院,北京100193 [2]河北省畜牧良种工作总站,河北石家庄050064 [3]河北正农牧业有限公司,河北石家庄052371

出　　处：《中国畜牧杂志》2023年第6期95-100,共6页Chinese Journal of Animal Science

基　　金：河北省重点研发计划项目(20326341D);财政部和农业农村部:国家现代农业产业技术体系(CARS-35)。

摘　　要：深县猪是河北优质地方猪种之一,为探究其群体遗传多样性情况,本研究利用39头深县猪的全基因组重测序数据分析了深县猪群体全基因SNP变异情况及特征,并进一步利用检出的SNP探究了其有效群体大小、近交状况和个体间亲缘关系等。结果表明深县猪有效群体大小为5.83头,相比于大白猪(42.47)、北京黑猪(10.27)和民猪(8.38)较小,略高于蓝塘猪(3.52),但遗传多样性保持良好。基于ROH的分析表明群体平均近交系数为(0.054±0.01),通过IBS距离分析则发现部分个体间亲缘关系略近。为了更好地鉴定和区分深县猪,本研究综合运用最大分类能力方法及机器学习方法,最终确定了10个SNP作为深县猪群体特征位点。本研究结果有助于了解深县猪群体的保种现状并为其后续保种措施的制定提供一定参考,同时也为深入挖掘深县猪重要性状形成的分子机制提供新的素材,此外本研究中所挖掘的深县猪SNP特征位点可用于对深县猪进行快速鉴定,从而推动深县猪在地方猪育种中更广泛地应用。

关 键 词：深县猪 全基因组重测序 遗传多样性 特征位点 

分 类 号：S828.2[农业科学—畜牧学]