基于SNP芯片的盆周山地猪群体选择信号分析  

作　　者：龙熙[1] 柴捷[1] 潘红梅[1] 张利娟[1] 张亮[1] 陈四清[1] 郭宗义[1] 

机构地区：[1]重庆市畜牧科学院,重庆402460

出　　处：《中国畜牧杂志》2023年第12期136-140,共5页Chinese Journal of Animal Science

基　　金：重庆市科研院所绩效激励引导专项(21530);重庆市自然科学基金面上项目(cstc2021jcyj-msxmX0800);重庆市技术创新与应用发展专项产业类重点项目(cstc2019jscx-gksb X0099);“十二五”农村领域国家科技计划课题子课题(2015BAD03B02-6)。

摘　　要：为了分析盆周山地猪群体的选择信号,本研究利用猪50K基因芯片,运用Tajima’s D方法分析盆周山地猪群体基因组上受选择的信号区域,并通过生物信息学分析筛选受选择的候选基因。结果表明,盆周山地猪群体基因组上受选择的区域有252个,这些区域共包含267个候选基因,其中,在猪上已注释的基因184个,如免疫性状相关基因MYO1G、CD86、IKF2,肉质性状相关基因PRKAG3、PRDM16、SND1,繁殖性状相关基因FSHR、LTF、AP3B1和生长性状相关基因SREBF2、SDC3、SLIT3。候选基因GO功能富集表明,这些基因参与了机体的免疫、行为、心管发育等生物学进程。KEGG信号通路分析发现,部分基因可能与催产素信号通路相关。本研究首次构建了盆周山地猪全基因组水平上的选择信号图谱,筛选了受选择的重要经济性状候选基因,研究结果为更好地保护、开发和利用盆周山地猪奠定了理论基础。

关 键 词：盆周山地猪 SNP芯片 选择信号 候选基因 

分 类 号：S828.2[农业科学—畜牧学]