Direct RNA Sequencing表征奶牛乳腺上皮细胞转录组特性的研究  

作　　者：师志海[1] 王文佳[2] 王亚州[1] 张彬[1] 邓廷贤 

机构地区：[1]河南省农业科学院畜牧兽医研究所,河南郑州450002 [2]河南牧业经济学院动物医药学院,河南郑州450046 [3]广西壮族自治区水牛研究所,广西南宁530001

出　　处：《中国畜牧杂志》2023年第12期271-276,共6页Chinese Journal of Animal Science

基　　金：河南省农业科学院自主创新项目资助(2022ZC47)。

摘　　要：本研究旨在表征奶牛乳腺上皮细胞的转录组特性,为基于乳腺上皮细胞的功能基因组学研究提供参考依据。体外培养奶牛乳腺上皮细胞系(MAC-T),用Nanopre Direct RNA Sequencing(DRS)技术进行了三代转录组测序分析,结合生物信息手段分析转录表达、RNA甲基化修饰和选择性剪切等生物学特征。结果发现,在乳腺上皮细胞中共组装到55140个转录本,其中已知转录本51379个,新发现的转录本3761个。多聚腺苷酸A[poly(A)]分析显示,转录本的表达量与poly(A)尾巴长度呈显著负相关(P<0.0001)。在MEC1和MEC3样本中分别检测到6853个和6343个剪切事件,其中剪切事件发生次数最多的前3位是SE、A5和A3。RNA甲基化修饰检测发现,乳腺上皮细胞中m5C位点数高于m6A位点数,其中这些修饰位点主要分布于CDS区域,其次是5’UTR和3’UTR。本研究表征了乳腺上皮细胞转录本、ploy(A)尾巴长度、可变剪切和RNA甲基化修饰等生物学特性,将为乳腺上皮细胞模型的功能基因组学研究提供有效支撑。

关 键 词：奶牛 乳腺上皮细胞 三代测序 转录组 

分 类 号：S823.2[农业科学—畜牧学]