基于简化基因组的上海水牛遗传结构分析和家系鉴定  

作　　者：孙玲伟 高骏[1] 陆雪林[2] 章伟建 刘炜[2] 胡杰 张德福[1] 戴建军[1] 

机构地区：[1]上海市农业科学院畜牧兽医研究所,上海市农业遗传育种重点实验室,农业农村部畜禽资源(猪)评价利用重点实验室,上海201106 [2]上海市动物疫病预防控制中心,上海202154 [3]上海老杜企业发展(集团)有限公司,上海200003

出　　处：《上海畜牧兽医通讯》2024年第3期8-13,18,共7页Shanghai Journal of Animal Husbandry and Veterinary Medicine

基　　金：上海市农委科技兴农项目(2022-02-08-00-12-F01173)。

摘　　要：为提高上海水牛的育种效率和遗传种质资源丰富度,采用基因测序分型(genotyping by sequencing,GBS)技术对80头上海水牛进行基因组测序,质控后获得高质量的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP),进行群体亲缘关系以及近交系数分析。结果显示:从80头上海水牛的24条常染色体和1条性染色体上共检出的99963个高质量SNP位点、874个连续纯合片段(runs of homozygosity,ROH);80头上海水牛分为2个大支(家系),A1和A2属于第一大支(家系A),包含9头公水牛、18头母水牛;B1、B2和B3属于第二大支(家系B),包含16头公水牛、37头母水牛。基于ROH测算近交系数的结果显示:25头公水牛和55头母水牛的平均近交系数分别为0.0145和0.0114。本研究构建了上海水牛家系,揭示了上海水牛的近交状态,为上海水牛繁育工作提供了科学依据。

关 键 词：上海水牛 简化基因组测序 长纯合片段 近交系数 

分 类 号：S82[农业科学—畜牧学]