lncRNA TUG1在IgA肾病患者血清中的表达分析及生物信息学预测  

作　　者：陈明 王立范 于卓 刘娜 吴宸广 田锋 伊世华 陈瑶 朱文辉 闫晓明 

机构地区：[1]黑龙江省中医药科学院,哈尔滨150036

出　　处：《中国中西医结合肾病杂志》2024年第6期532-536,I0003,I0004,共7页Chinese Journal of Integrated Traditional and Western Nephrology

基　　金：黑龙江省自然科学基金资助项目(No.LH2021H070)。

摘　　要：目的:明确lncRNA TUG1在IgAN中差异表达,并预测lncRNA TUG1下游参与IgAN的调控网络。方法:选取2021年9月—2021年12月黑龙江省中医药科学院门诊及住院IgAN患者10例作为试验组,同期健康体检者10例为对照组,清晨抽取受试者空腹静脉血,qRT-PCR法对外周血清lncRNA TUG1进行检测。通过GEO数据库获得IgAN符合要求的miRNA表达数据库GSE25590和mRNA表达数据库GSE73953。利用GEO2R在线分析工具寻找差异表达基因,利用NPlnter V4.0、StarBase V2.0数据库收集TUG1可能结合的下游的miRNA、mRNA靶点。将GSE25590数据集获取的差异表达miRNA与TUG1结合的下游的miRNA靶点进行合并处理,找到共同差异表达miRNAs(DEmiRs),进一步利用miRDB数据进行可能结合的下游的mRNA的预测。再将GSE73953数据集获取的差异表达mRNA、TUG1可能结合的下游的mRNA及GSE25590数据集与TUG1下游共表达miRNA获得mRNA等3组数据集进行合并取交集。最终获得共同差异表达基因(DEGs)。应用DAVID数据库对筛选DEGs进行GO和KEGG分析,最终选取排名前20的GO分析与KEGG通路,OmicShare平台绘制气泡图,Cytoscape 3.6.0软件构建TUG1-DEmiRs-DEGs-KEGG通路多维网络图。结果:(1)与健康对照组相比,IgAN患者外周血样本中lncRNA TUG1极显著低表达(P<0.01);(2)获得TUG1下游结合的221个DEmiRs,GSE25590数据集获取182个DEmiRs,交叉合并获得15个DEmiRs;(3)获取TUG1下游结合的294个DEGs,GSE73953数据集获取14657个DEGs,对TUG1下游结合的15个DEmiRs进行预测,获得6947个DEGs,对以上三组数据进行交叉合并获得90个DEGs;(4)对共同DEGs进行GO和KEGG富集分析,包括细胞对热应激的反应、衰减阶段、Notch信号通路、剪接体等。结论:lncRNA TUG1在IgAN中低表达,TUG1可能通过miR-107、ATXN1L调控的Notch信号通路参与IgAN中发生、发展。

关 键 词：lncRNA TUG1 IGA肾病 生物信息学 

分 类 号：R692.31[医药卫生—泌尿科学]