基于SNP芯片的内江猪群体遗传结构分析  

作　　者：龙熙[1,2] 吴平先 潘红梅 刘贵平[2,3] 巫英燕 查琳 邓元彬 白小青 

机构地区：[1]重庆市畜牧科学院,重庆402460 [2]内江猪研究所,四川内江641000 [3]四川省内江市农业科学院,四川内江641000

出　　处：《中国畜牧杂志》2024年第9期159-164,共6页Chinese Journal of Animal Science

基　　金：四川省区域创新合作项目内江猪种质特性与开发利用关键技术研究与示范(2022YFQ0027);四川省中央引导地方科技发展专项项目内江猪品种遗传改良关键技术攻关及应用(2023ZYD0289);重庆市现代农业产业技术体系(CQMAITS202312)。

摘　　要：本研究旨在分析内江猪群体的遗传结构,从而更好的保护和利用内江猪遗传资源。使用猪50K SNP芯片,对237头(24头公猪,213头母猪)内江猪进行基因组分型,分型结果经质量控制及自填充后用于后续分析。通过多种分析软件对内江猪群体的遗传结构、遗传多样性以及群体近交情况进行分析,结果发现:共有26652个SNP位点用于分析,其有效等位基因数为1.569,多态性标记比为0.533,多态性信息含量为0.272,期望杂合度为0.338,观测杂合度为0.341,最小等位基因频率为0.249。主成分分析结果表明群体内分层不明显,根据状态同源计算的群体平均遗传距离为0.252,通过聚类分析可将24头公猪划分为10个家系。在群体基因组中共检测到7031个长纯合片段,其平均长度为12.59 Mb,通过连续性纯合片段估计群体近交系数为0.008,通过SNP纯合性估计群体近交系数为-0.012。总体来说,内江猪群体遗传多样性较为丰富,群体遗传距离较远,近交程度较低,但存在一定的近交风险。本研究可为内江猪的保护和开发利用提供理论依据。

关 键 词：内江猪 SNP芯片 遗传结构 遗传多样性 

分 类 号：S828.8[农业科学—畜牧学]