N/Q比值对淋巴瘤甲醛固定石蜡包埋穿刺样本二代测序质控参数的影响  

Effect of N/Q ratio on the quality control of next⁃generation sequencing from fine⁃needle biopsy formalin⁃fixed and paraffin⁃embedded specimens of lymphoma

作　　者：李三恩 阎萌 张昊[1] 杨红丽 LI Sɑn-en;YAN Menɡ;ZHANG Hɑo;YANG Honɡ-li(Department of Pathology,the First Affiliated Hospital of Soochow University,Suzhou 215006,China)

机构地区：[1]苏州大学附属第一医院病理科,苏州215006

出　　处：《诊断病理学杂志》2024年第10期996-998,1001,共4页Chinese Journal of Diagnostic Pathology

基　　金：国家自然科学基金(82100268);苏州市“科教兴卫”青年科技项目(KJXW2022008)。

摘　　要：目的探究N/Q比值对淋巴瘤甲醛固定石蜡包埋穿刺标本二代测序(NGS)质量参数的影响。方法收集苏州大学附属第一医院病理科采用杂交捕获法二代测序技术进行基因检测的153例淋巴瘤甲醛固定石蜡包埋(FFPE)穿刺标本的病理资料。根据核酸N/Q比值将标本分为0<N/Q<2、2≤N/Q<4、N/Q≥4三组,比较三组样本间测序质量参数、平均特异性测序深度、平均测序深度、测序通过率的差异。结果三组样本间的预文库总量、文库多样性、序列回贴比、平均特异性测序深度差异具有统计学意义(P<0.05);其余各质量参数无明显差异。结论评估淋巴瘤FFPE穿刺样本N/Q的比值有助于NGS质控参数的解读。

关 键 词：N/Q比值 甲醛固定石蜡包埋 二代测序 质控参数 穿刺样本 

分 类 号：R446.9[医药卫生—诊断学]