西藏藏猪性成熟前期与成年期睾丸组织长链非编码RNA的差异表达及筛选  

作　　者：阚勇 邵会 野宏涵 孔嘉辉 蒋智强 任子利 

机构地区：[1]西藏农牧学院动物科学学院,西藏林芝860000

出　　处：《中国畜牧杂志》2024年第11期239-248,253,共11页Chinese Journal of Animal Science

基　　金：国家自然科学基金资助项目(31760669);西藏自治区科技厅科技成果转移转化资助项目(XZ202101YD0019C)。

摘　　要：本研究旨在探究西藏藏猪性成熟前期与成年期睾丸组织中长链非编码RNA(Long Noncoding RNA,lncRNA)差异表达及筛选。选取西藏藏猪性成熟前期(2月龄)和成年期(24月龄)2个不同发育阶段的睾丸组织,利用转录组测序技术对其进行全转录组测序、原始数据质控、参考序列比对、lncRNA编码能力预测,使用boetie2和express软件分析lncRNA表达水平,使用DESeq2软件,以P<0.05且差异倍数大于2为条件筛选差异lncRNA,通过GO和KEGG富集分析研究差异表达lncRNA的靶基因,通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术对差异表达lncRNA进行验证。结果显示,获得94.26 G的Clean Date,Q30碱基分布在93.28%~93.76%,平均GC含量为49.56%;基因组比对率为90.07%~91.16%,预测得到5 176个编码潜能极高的转录本,作为新预测的lncRNA;共鉴定到9 668个lncRNA,总长度为27 239 865 nt,平均长度为2 817.53 nt;得到1 875个具有显著差异表达lncRNA,性成熟前660个显著上调,1 215个显著下调;SPAG9、LOC100511430、SPACA1、STRBP、SPATA9、TDRP、TNP1与西藏藏猪的雄性生殖发育相关;P13K-Akt,cAMP等信号通路参与精原细胞分裂活动;在西藏藏猪性成熟前期与成年期差异表达的lncRNAs中随机筛选9个进行RT-qPCR,结果与转录组测序分析结果相一致;lncRNA和miRNA在miR-1343、miR-7142-5p、miR-7138-3p、miR-744、miR-1307、miR-7138-5p和miR-9858-5p靶标位点结合的较多。综上所述,lncRNA很大程度上参与了精子发生过程。本研究为研究lncRNA对西藏藏公猪繁殖性能的调控机制提供理论依据。

关 键 词：藏猪 睾丸组织 lncRNA 实时荧光定量 基因 

分 类 号：S828.2[农业科学—畜牧学]