鸡miR-133a-3p的表达、生物信息学分析及其靶基因初筛  

Expression and bioinformatics analysis of miR-133a-3p in chicken and preliminary screening of its target genes

作　　者：余春莲 朱师良 杨炜蓉 Yu Chunlian

机构地区：[1]四川开放大学农林卫生学院,四川成都610073 [2]四川省畜牧科学研究院,四川成都610066 [3]西华师范大学生态研究院,四川南充637002

出　　处：《江苏农业科学》2024年第24期179-186,共8页Jiangsu Agricultural Sciences

基　　金：四川省科技厅科技计划(编号:2019YJ0341);国家开放大学产教融合协同育人中心建设试点项目(编号:2023CY3314)。

摘　　要：为了研究鸡不同组织中miR-133a-3p的表达情况并预测其靶基因,进行GO、KEGG富集分析,对关键靶基因进行初筛,阐明其在机体中的作用。通过miRBase检索15个物种的miR-133a-3p序列,采用MEGA 7.0进行多物种序列比对及系统进化树构建;使用TargetScan、miRDB预测鸡miR-133a-3p的靶基因,再取交集,对其进行GO、KEGG富集分析;通过qPCR检测miR-133a-3p在罗斯308肉鸡各组织中的表达量,并检测其靶基因在不同生长周龄(W0~W6)胸肌中的表达规律。结果表明,不同物种miR-133a-3p的成熟序列同源性极高,物种间保守,系统进化树分析发现,鸡miR-133a-3p与原鸽聚为一支;预测获得145个靶基因,GO富集分析显示,靶基因富集到酶活性调控、分子功能负调控、内质网系统形成、肌球蛋白结合等条目,KEGG结果显示,靶基因富集到p53、mTOR、FoxO、肌动蛋白细胞骨架调控等多条与肌肉生长发育相关的信号通路;对肌肉生长发育相关通路进行分析,挖掘到PIK3CB、NRAS、EGFR、PRKAA1、IGF1R这5个显著富集基因;miR-133a-3p仅在胸肌、腿肌、心脏中表达,且在胸肌中的表达量显著高于心脏、腿肌(P<0.01);随着生长周龄的增长,miR-133a-3p在胸肌中的表达量先升后降,而靶基因IGF1R的表达量呈先降后升的规律,它们的拐点均在第3周龄,二者负相关。综上说明,鸡miR-133a-3p在肌肉组织中特异性表达,很可能通过靶基因IGF1R调控肌肉生长发育。

关 键 词：鸡 miR-133a-3p 生物信息学 表达分析 肌肉生长发育 靶基因筛选 

分 类 号：S831.2[农业科学—畜牧学]