乙型肝炎病毒基因组中前-X编码基因的界定  

Study on definition of pre-X region in hepatitis B virus genome

作　　者：董菁[1] 成军[1] 

机构地区：[1]中国人民解放军第302医院传染病研究所基因治疗研究中心

出　　处：《世界华人消化杂志》2003年第8期1097-1101,共5页World Chinese Journal of Digestology

基　　金：国家自然科学基金攻关项目;No.C03011402;No.C30070689;军队"九;五"科技攻关项目;No.98D063;军队回国留学人员启动基金项目;No.96H038;军队"十;五"科技攻关青年基金项目;No.01Q138;军队"十;五"科技攻关面上项目;No.01MBl35

摘　　要：目的:探讨乙型肝炎病毒(HBV)基因组存在前-X基因。乙型肝炎病毒(HBV)基因组内部结构基因与编码基因之间相互重叠,是基因组序列高度集中利用的一个典型。早期研究中确定了编码病毒蛋白的4个开放读码框架(ORF),本研究通过对于中国HBV感染者的流行病毒株的基因序列进行分析比较,阐明基因组结构的特点,并探索是否存在新型ORF的可能性。方法:考虑到HBV基因组序列的准种特点以及多聚酶链反应(PCR)技术的精确度,我们采用的技术是长距离且精确PCR(LA-PCR)技术,根据中国HBV患者的病毒基因序列设计PCR扩增用引物,自慢性HBV感染患者外周血血清中扩增HBV基因组序列,克隆入pGEM Teasy质粒,挑选克隆进行全基因组DNA测序,与其他HBV基因组序列进行比较。结果:测序结果提示来源于2个患者的5株HBV全基因组核苷酸序列在X基因之前存在一ORF,我们命名其为前-X(pre-X)区。前-X区编码氨基酸与X蛋白融合表达,序列为MGLGYWPSPPAWNLCGSSADPYCGTPSSLFCSQPVWSETYRNRQLCCPLSQIHLLS。该编码序列仅在adr血清型中有编码表现。结论:在HBV基因组中存在有一新的ORF,命名为前-X区,该区可能是一种HBV血清型特异性编码区。AIM: To identify the pre-X gene in HBV strains of Chinese patients. METHODS: The whole HBV genome was amplified by long- distance and accurate polymerase chain reaction (LA-PCR) method from the serum of 2 patients with chronic HBV infection,and then the PCR products were cloned into pGEM Teasy vectors.Five clones of HBV genome were sequenced. Sequences of our finding were compared with other HBV genome sequence deposited in GenBank. RESULTS: Pre-X region was found in the HBV genome of these 5 clones,just upstream to the X gene.The pre-X gene is 168 bp long,and can be translated with X gene in frame.The amino acids sequence of pre-X gene was as the following:MGLGYWPSPPAWNLCGSADPYCGTPSSLFCS QPVWSETYRNRQLCCPLSQIHLLS. CONCLUSION: Pre-X region may be a serotype-specific coding gene.

关 键 词：乙型肝炎病毒 基因组 编码基因 前-X区 克隆 测序 

分 类 号：R373.21[医药卫生—病原生物学]