用3′RACE方法扩增并克隆口蹄疫病毒基因组3′末端序列  

Molecular Cloning and Analysis of the 3′End Sequence of FMDV OH99 Strain by 3′RACE

作　　者：刘光清[1] 刘在新[1] 谢庆阁[1] 

机构地区：[1]中国农业科学院兰州兽医研究所农业部畜禽病毒学重点实验室,甘肃兰州730046

出　　处：《中国兽医学报》2003年第6期524-526,共3页Chinese Journal of Veterinary Science

基　　金：国家"973"项目 (G19990 1190 1)

摘　　要：应用 3′RACE方法扩增并克隆了口蹄疫病毒 ( FMDV) OH99株基因组 3′端真实序列。测序结果表明 ,所扩增的目的基因片段长 15 0 0 nt,包括 3D基因部分序列、3′端非编码区 ( Non- Coding Region,NCR)和 Poly( A)尾巴 ,其中 3′NCR位于终止密码子 TAA之后 ,长 93nt,Poly( A)尾序列至少含有 5 6个 A。与参考毒株进行序列比较 ,结果显示 ,OH99株与 OTY TW/ 97株的核苷酸同源性较高 ,为 91.4 % ,而与 O1K、CHINA99、A12等毒株的核苷酸同源性较低 ,其同源性分别为 6 8.1%、71.0 %、70 .2 %。 3′NCR的末端存在保守性较高的基序 :CCCTCAGATG,TTTTCCC-CGCTTCCT。本研究为进一步研究 FMDV基因组的功能、构建 OH99株的反向遗传操作系统奠定了基础。The authentic 3′ end sequence,including part of 3D,3′NCR,and Poly(A) tail,was amplified by 3′RACE.The result shows 3′NCR is 93 nt in length,and the Poly(A) tail at least has 56 As.Compared with other reference strains,OH99 strain share higher nucleotide acid identity with OTY TW/97 than with O1K,O1compous,A12 and other reference strains.Their homology are 92 6%,68 1%,71 0%,70 2% respectively,There are still some base sequences CCCTCAGATG,TTTTCCCCGCTTCCT in 3′NCR.

关 键 词：口蹄疫病毒 3’端非编码区 序列分析 3’RACE方法 基因克隆 同源性 3’末端序列 

分 类 号：S852.659.6[农业科学—基础兽医学]