信息离散性度量方法在SARS病毒研究中的应用  

Application of a new measure of information discrepancy to the analysis of SARS coronavirus

作　　者：张文[1] 唐焕文[1] 方伟武[2] 修志龙[3] 

机构地区：[1]大连理工大学计算生物学和生物信息学研究所,辽宁大连116024 [2]中国科学院应用数学研究所,北京100080 [3]大连理工大学环境与生命学院,辽宁大连116024

出　　处：《计算机与应用化学》2003年第6期719-723,共5页Computers and Applied Chemistry

基　　金：国家自然科学基金(90103033;20176005)

摘　　要：多序列比较是分子生物学中的一个基本问题,本文利用一种新型信息离散性度量方法——FDOD方法,将其应用于SARS病毒研究中,对SARS病毒与已知的三类冠状病毒的复制酶、M蛋白、N蛋白和S蛋白进行了进化分析,得出的系统发育树与现有的生物分析基本一致。同时进一步显示了FDOD方法的优点,数学基础好,不带有主观因素,能比较客观地度量生物序列间的差异,且计算过程简单快速,是分子进化研究的一种有效工具。Multiple sequence comparison is a basic problem for molecular biology. In this paper, a new information theory method, which is noted by FDOD, is used to infer the phylogeny of SARS and three known coronaviral groups based on four different protein sequences. The phylogenetic tree agrees with the existing biological analysis. FDOD only depends on the original information about sequences, no other subjective factors are involved. Furthermore, the process of computation is simple and quick, the result shows that the FDOD approach is a useful tool in studies of molecular evolution.

关 键 词：信息离散性度量方法 SARS 病毒研究 应用 非典型肺炎 序列比较 信息熵 系统发育 

分 类 号：R563.1[医药卫生—呼吸系统]