家猪基因组含有大量保守非编码区(英文)  

Numerous of Conserved Non-coding Sequences in the Pig (Sus scrofa) Genome

作　　者：钟兰[1,2] 李蔚 李松岗[1,2] 

机构地区：[1]北京大学生命科学院,北京100871 [2]中国科学院基因组信息学中心暨华大基因研究中心,北京101300 [3]中国科学院生物物理所生物信息研究室,北京100101

出　　处：《北京大学学报（自然科学版）》2003年第6期792-798,共7页Acta Scientiarum Naturalium Universitatis Pekinensis

基　　金："中国 丹麦"家猪基因组国际合作项目资助

摘　　要：用 190万条家猪随机读序分别比对人和小鼠的基因组 ,除去已知基因的外显子和新预测的人的编码区 ,得到大量含有保守非编码区的家猪序列。 11 0 5 %的家猪读序含有“猪 人”保守的非编码区序列 ,3 13%的家猪读序含有“猪 鼠”保守的非编码区片段 ,1 86 %的家猪读序包含“猪 人 鼠”三者保守的非编码区区域。三者保守的非编码区序列跟人的相似性明显高于跟小鼠的相似性。另外 ,很多人、小鼠的非编码RNA基因跟上述含有保守非编码片段的家猪序列至少比对上一次。Aligning 1 9 millions of porcine random reads to the genomes of hum an and mouse respectively, and then filtering out known exons and newly predicte d human coding regions, the authors obtained large amount of reads containing c onserved non-coding sequences(CNSs). Among the porcine reads, 11 05% contai ned pig-human two-way CNSs, 3 13% contained pig-mouse two-way CNSs and 1 8 6% contained pig-human-mouse three-way CNSs, and the three-way CNSs are more similar with human t han with mouse. Besides, many of the human and mouse ncRNA genes had similarity with these above porcine reads containing CNSs at least once.

关 键 词：随机读序 保守的非编码序列 非编码RNA基因 

分 类 号：S828[农业科学—畜牧学]