3号染色体短臂末端两个大片段基因组区域的基因分布与GC含量分析  

Comparing Gene Density and GC Content Between Two Large Genomic Blocks at Short Arm of Chromosome 3

作　　者：牛宇欣[1] 胡松年[2] 杨焕明[1] 

机构地区：[1]中国科学院遗传与发育生物学研究所人类基因组中心,北京100101 [2]北京华大基因研究中心,北京101300

出　　处：《Acta Genetica Sinica》2004年第1期13-18,共6页

基　　金：国家高技术研究发展计划资助项目 (编号 :863 J19) ;中国科学院创新工程资助项目 (编号 :KSCX1 D4)~~

摘　　要：运用鸟枪法测序技术 ,得到了位于 3p2 5 1和 3p2 6 1区域、大小分别为 32 8kb和 75 3kb的 2个基因组片段 ,分析各片段的GC含量及重复顺序的分布特征 ,并研究不同区域内的基因分布密度。结果表明 :位于 3p2 5 1区域的32 8kb片段具有较高的GC含量 ,在此区域内蛋白编码基因分布密度较高 ,而位于 3p2 6 1区域的 75 3kb片段平均GC含量较低 ,并且是基因贫乏区域。同时发现 :GC rich的SINE类重复顺序在GC含量较高的区域有较高的覆盖率 ,相反AT rich的LINE类重复顺序在GC较低的区域分布较多 。The present paper is to investigate gene distribution at different genomic region with different local GC content.With shout-gun technology,we sequencing two sequences at 3p25.1 and 3p26.1,at genome size 328 kb and 753 kb respectively.The 328 kb sequence,with an average GC content as high as 47.57%,has high gene density (13.7 gene/100 kb).However,another sequence at 3p26.1 only includes one exon and one intron of large gene GRM7 and the coding sequence size is 11 520 bp only taking a small part(1.31%) of the whole genome region.High percentage distribution of GC-rich repeats of SINEs explain high GC genomic region at 3p25.1 and high concentration of AT-rich repeats of LINEs at 3p26.1 lead to low GC content of the region.Our results suggest isochore structure is the result of coevolution between gene and genome.

关 键 词：鸟枪法测序 基因密度 GC含量 重复顺序 

分 类 号：Q987[生物学—遗传学]