GROMOS96分子动力学模拟的并行优化算法  

Large Parallel Optimal Algorithm for Molecular Dynamics Software GROMOS96

作　　者：王文睿[1] 陈国良[1] 孙广中[1] 

机构地区：[1]中国科学技术大学计算机系国家高性能计算中心,合肥230027

出　　处：《中国科学技术大学学报》2004年第1期76-82,共7页JUSTC

基　　金：国家"八六三"高技术研究发展计划 ( 2 0 0 1AA1110 4 1)

摘　　要：介绍了流行的分子动力学软件GROMOS96中的MD算法 ,分析了制约GRO MOS96性能的原因 ,并提出一种优化的算法 ,将邻域原子搜索的时间复杂度从O(N2 )降低到O(NlogN) ;同时并行化了GROMOS96算法 ,并进一步在国产曙光并行机上开发了基于MPI的软件 。The simulation strategy and algorithm in the famous MD simulation software, GROMOS, is studied and an optimized parallel strategy is developed. Also, an implementation based on MPI for the Dawn2000 machine is given, and performance analysis is conducted.

关 键 词：算法 并行 分子动力学模拟 优化 

分 类 号：TP301.6[自动化与计算机技术—计算机系统结构]