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国家自然科学基金(90403120): 作品数：12被引量：4H指数：1; 导出分析报告; 相关作者：王吉华窦相华于家峰苏希玉赵立岭更多>>; 相关机构：德州学院曲阜师范大学中国科学技术大学南京大学更多>>; 相关期刊：《Science China(Life Sciences)》《四川师范大学学报（自然科学版）》《中国科学技术大学学报》《Chinese Physics B》更多>>; 相关主题：蛋白质蛋白分子动力学模拟去折叠PMF更多>>; 相关领域：生物学理学更多>>

高压诱导小蛋白Chignoli变性的分子动力学研究: 《四川师范大学学报（自然科学版）》2009年第6期803-807,共5页于家峰王吉华; 国家自然科学基金(90403120);山东省自然科学基金(Y2005D12)资助项目; 在温度为300K,压强为200、1000和2000MPa时,分别对小蛋白Chignolin进行了50ns的分子动力学模拟,模拟中考虑了水的压缩性系数随压强的改变情况.结果表明,在高压下Chignolin的构象产生非常显著的变化,出现了完全去折叠.通过研究水和Chigno...; 关键词：高压分子动力学模拟去折叠 Chignolin

在高压诱导蛋白质变性过程中水产生的压缩对它的影响被引量：3: 《原子与分子物理学报》2008年第4期833-837,共5页于家峰王吉华窦相华; 国家自然科学基金重点项目(90403120);山东省自然科学基金(Y2005D12); 实验表明水的压缩系数随着压强的改变会发生变化,这种改变将对高压致蛋白质变性的充分含水动力学模拟结果产生直接影响,然而很多高压变性的分子动力学模拟并没有考虑这一点.在温度为300 K,压强为200 MPa、1000 MPa时,利用GROMACS软件包...; 关键词：高压压缩系数分子动力学模拟去折叠小蛋白

An improved method of potential of mean force for protein-protein interactions: 《Chinese Science Bulletin》2008年第8期1145-1151,共7页SU Yux LI WenFei ZHANG Jian WANG Jun WANG Wei; the National Natural Science Foundation of China (Grant Nos. 90403120, 10474041 and 10504012); In this work, the traditional method of potential of mean force (PMF) is improved for describing the protein-protein interactions. This method is developed at atomic level and is distance-dependent. Compared with the ...; 关键词：基础知识 PMF 双蛋白交互作用

MD模拟研究Mini-protein Chignolin去折叠过程中残基的构象熵: 《德州学院学报》2007年第6期1-4,共4页刘贵忠于家峰; 国家自然科学基金(90403120);山东省自然科学基金(Y2005D12); 采用分子动力学模拟方法,对Chignolin在260 K、300 K、350 K和400 K进行去折叠模拟,计算8个残基(2—9位点)的构象熵.研究发现,构象熵值可大致分为低熵组、中熵组和高熵组.影响残基熵值的因素主要为温度、残基的原子数、残基所在位点、...; 关键词：Chignolin 构象熵分子动力学模拟去折叠阶梯跃变

一种改进的研究蛋白质-蛋白质相互作用的平均势方法: 《科学通报》2007年第21期2487-2493,共7页苏煜李文飞张建王骏王炜; 国家自然科学基金(批准号:90403120;10474041;10504012)资助项目; 在原子水平上发展了一种距离相关的用于研究蛋白质-蛋白质相互作用的平均势(potential of mean force,简称PMF)方法.与传统理论模型相比,我们的模型考虑了蛋白质系统的复杂环境因素.这种改进使得该模型能够给出物理上更合理和准确的势...; 关键词：基于知识的方法平均势(PMF) 蛋白质-蛋白质相互作用

The preferences of orientations between the pairs of amino acids: 《Chinese Physics B》2007年第3期868-875,共8页陈颖王骏王炜; Project supported by the National Natural Science Foundation of China （Grant Nos 10204013, 90103031, 10074030, 10474041, 90403120 and 10021001）, and the Nonlinear Project （973） of the National Science Ministry, China.; In this work, we make an investigation on the preferences of orientations between amino acids using the orientation defined based on the local geometry of the amino acids concerned. It is found that there are common p...; 关键词：native structure of protein preferences of orientation preferences of secondary structures

Grouping of amino acids and recognition of protein structurally conserved regions by reduced alphabets of amino acids: 《Science China(Life Sciences)》2007年第3期392-402,共11页LI Jing1 & WANG Wei1,2 1 National Laboratory of Solid State Microstructure and Department of Physics, Nanjing University, Nanjing 210093, China 2 Interdisciplinary Center of Theoretical Studies, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100080, China; the National Natural Science Foundation of China (Grant Nos. 90403120, 10474041 and 10021001);the Nonlinear Project (973) of the NSM; Sequence alignment is a common method for finding protein structurally conserved/similar regions. However, sequence alignment is often not accurate if sequence identities between to-be-aligned se- quences are less tha...; 关键词：Grouping of amino acids and recognition of protein structurally conserved regions by reduced alphabets of amino acids

The orientational preferences of backbones of proteins: 《Chinese Science Bulletin》2006年第21期2559-2565,共7页CHEN Ying WANG Jun XUE Bin WANG Wei; This work was supported by the National Natural Science Foundation of China(Grant Nos.90403120,10474041,10204013 and 10021001);FANEDD to Wang Jun.; The orientation between the backbone residues of proteins is defined based on the local configurations and the corresponding preferences are analyzed by statistics.It is found that all the residue pairs have some spec...; 关键词：蛋白质主链定向参数选择残渣天然结构

Functional structures and folding dynamics of two peptides: 《Chinese Physics B》2005年第11期2365-2369,共5页盛乐标李菁马保亮王炜; Project supported by the National Natural Science Foundation of China （Grant Nos 90103031, 10474041, 90403120 and 10021001）, and the Nonlinear Project （973） of the NSM.; The folding dynamics and structural characteristics of peptides RTKAWNRQLYPEW （P1） and RTKQLYPEW （P2） are investigated by using all-atomic simulation procedure CHARMM in this work. The results show that P1, a segm...; 关键词：peptide folding molecular dynamics protein secondary structure prediction

蛋白质折叠速度与其拓扑结构关系的研究被引量：1: 《生物数学学报》2005年第3期332-338,共7页赵立岭王吉华窦相华苏希玉; 国家自然科学基金重点项目资助(90403120); 以6种不同的方式来定义蛋白质内存在的接触,进而运用分子动力学模拟等不同方法,对10个小蛋白进行分析,研究了不同的接触定义及不同的拓扑参数计算方法下,蛋白质的折叠速度与其拓扑参数的关系.结果表明,用含主链重原子的方式定义接触,所...; 关键词：折叠速度相对接触距长接触距总接触距相关系数

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