刘立伟

作品数：13被引量：14H指数：1
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供职机构：大连交通大学理学院更多>>
发文主题：进化树蛋白质序列HI聚类染色体更多>>
发文领域：生物学农业科学医药卫生文化科学更多>>
发文期刊：《大连交通大学学报》《计算机与应用化学》《生物信息学》《计算生物学》更多>>
所获基金：辽宁省教育厅高等学校科学研究项目辽宁省教育厅科学基金中国博士后科学基金辽宁省自然科学基金更多>>
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基于图自编码器和协同训练预测miRNA与疾病的关联被引量：1
《生物信息学》2024年第2期116-123,共8页刘立伟 刘晓兰 谭者斌 
海南省计算科学与应用重点实验室开放课题(No.JSKX202102)。
近年来,越来越多的生物学实验研究表明,microRNA(miRNA)在人类复杂疾病的发展中发挥着重要作用。因此,预测miRNA与疾病之间的关联有助于疾病的准确诊断和有效治疗。由于传统的生物学实验是一种昂贵且耗时的方式,于是许多基于生物学数据...
关键词：MICRORNA 疾病 关联预测 协同训练 图自编码器 端到端 
GraphPLA:一种预测蛋白质–配体结合亲和力的图神经网络方法
《计算生物学》2024年第1期1-11,共11页郭岳松 刘立伟 
蛋白质–配体结合亲和力是蛋白质与配体相互作用强度的一个重要指标。准确预测蛋白质–配体结合亲和力对于发现药物的新应用至关重要。迄今为止,已经开发了许多计算技术来预测结合亲和力;然而,这些技术中的一部分需要并不常见的蛋白质...
关键词：蛋白质–配体结合亲和力 图卷积神经网络 深度学习 蛋白质–配体结合口袋 图注意力网络 
利用改进的3DMax算法重构染色体3D结构
《生物信息学》2021年第4期254-259,共6页刘立伟 么会丽 
中国博士后科学基金项目(No.2018M631782);辽宁省教育厅项目(No.JDL2019032);辽宁省自然科学基金项目(No.201800278).
近年来,随着高通量染色体构象捕获(Hi-C)等技术的发展和高通量测序成本的降低,全基因组交互作用的数据量快速增长,交互作用图谱分辨率不断提高,促使染色体和基因组三维结构建模的研究取得了很大进展,已经提出了几种从染色体构象捕捉数...
关键词：Hi-C 染色体三维结构 梯度上升 三维基因组 
“信息论基础”实验课程方案的设计被引量：1
《教育教学论坛》2021年第47期126-129,共4页刘立伟 
2019年度辽宁省教育厅项目“染色质三维结构预测中的数学方法研究”(JDL2019032);2019年度大连交通大学研究生教改项目“数学+工科交叉学科建设”(2019-46)。
“信息论基础”是信息与计算科学专业的必修课,5G通信理论的核心就是信息论的信道编码理论。信息论是一门与最优化方法、概率统计和随机过程等密切相关的学科,既有很强的理论性,数学证明复杂,又有很强的应用性,与通信技术联系紧密,要求...
关键词：信息论 5G 实验教学 
基于曲面拟合重建单细胞染色体三维结构
《计算生物学》2019年第1期1-7,共7页刘立伟 张琦 白凤兰 
中国博士后科学基金项目(编号2018M631782);辽宁省自然科学基金项目(编号201800278),经费5万;辽宁省教育厅项目(编号L2015093)资助。
基因组学是当今生物信息学的核心领域之一,基因组学的两个主要研究方向是:以全基因组测序为目标的结构基因组学和以基因功能解读为目标的功能基因组学。在过去几十年,基因组学经历了长足的发展。而染色体三维结构的预测对基因组学的研...
关键词：Hi-C数据 低秩矩阵 低秩矩阵的完备化 最短距离法 
基于傅里叶功率谱的H1N1病毒血凝素蛋白质序列的比较分析
《计算生物学》2018年第1期15-23,共9页王华 白凤兰 刘立伟 
辽宁省教育厅科学研究一般项目(No.L2015093).
基于经典的HP模型,将不同特征下的H1N1病毒血凝素蛋白质序列转换为数字序列并且用离散傅里叶变换求出相应序列的功率谱。根据这些功率谱建立数学矩函数,并将数字序列转换为多维的矩向量,得到蛋白质序列对应的特征向量。再利用特征向量...
关键词：蛋白质序列 傅里叶变换 功率谱 聚类 
基于因子模型对G蛋白偶联受体序列进行聚类
《计算生物学》2017年第3期31-38,共8页王华 白凤兰 刘立伟 
辽宁省教育厅科学研究一般项目(No.L2015093)对本论文的支持。
G蛋白偶联受体(G Protein-Coupled Receptors, GPCRs)是一肽类膜蛋白家族,对GPCRs序列进行聚类分析有着重要的理论意义和应用价值。本文根据氨基酸的分类及其物化性质给出了蛋白质序列的特征向量表示,在此基础上用因子分析法对蛋白质序...
关键词：蛋白质序列 特征向量 因子模型 聚类分析 
基于序列特征组合与核非线性回归预测蛋白质折叠速率
《大连交通大学学报》2017年第4期206-210,共5页王雅男 白凤兰 刘立伟 王华 
选取可压缩性、LZ复杂度等特征值,将它们和20种氨基酸属性C_a,K^0,P_β,R_a,ΔASA,PI,H_t,M_μ,Esm进行组合,表征蛋白质序列.建立多元核非线性回归模型,用核非线性回归模型计算了83个蛋白质的折叠速率预测值.由Jack-knife检验方法得知...
关键词：核非线性回归 特征组合 蛋白质序列 相关系数 折叠速率 
一种新的RNA二级结构三维图形表示及其应用被引量：1
《生物信息学》2017年第1期55-58,共4页刘立伟 刘铁晖 
辽宁省教育厅科学研究一般项目(No.L 2015093)
本研究提出了一种新的RNA二级结构的图形表示方法,这种方法不同于以往的表示方式。根据所提出的RNA二级结构的图形表示,将对9种病毒的RNA二级结构进行图形表示,构建系统进化树,进行序列间相似性的比较和分析。根据最终结果,可以很清晰...
关键词：RNA二级结构 图形表示 系统进化树 相似性 
药用亲缘学论纲——知识谱系,认识论和范式转换被引量：9
《中国中药杂志》2015年第17期3335-3342,共8页郝大程 肖培根 刘立伟 彭勇 何春年 
中药资源是我国中医药事业发展的基础,采用创新的理论和方法寻找和发现中药新资源是中药资源可持续利用研究的热点和重点。药用亲缘学研究药用生物(特别是药用植物)的生物亲缘关系,化学成分和疗效(传统疗效和药理活性)间的相关性,该学...
关键词：药用亲缘学 药用基因组亲缘学 研究范式和方法 进化 药物发现与开发 
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