超级增强子相关基因结直肠癌预后模型的构建及其相关基因功能的初步探索  

作　　者：许悦欢 晁耐霞 

机构地区：[1]广西医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室,广西南宁530021 [2]广西高校生物分子医学研究重点实验室,广西南宁530021

出　　处：《中国科技期刊数据库 医药》2024年第6期0202-0206,共5页

摘　　要：整合结直肠癌中肿瘤特异的超级增强子(Super Enhancer)相关基因,并依此构建预后模型,同时分析长链非编码RNA HOXC-AS2在结直肠癌中的功能。方法 在基因综合表达(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库中收集了结直肠癌患者超级增强子相关基因表达谱和临床数据,通过单因素cox比例风险回归整合标志基因与生存信息,采用随机森林算法(Random Forest Algorithm)构建基于超级增强子相关基因的结直肠癌预后模型。通过TCGA数据库分析LncRNA HOXC-AS2在泛癌中的表达情况,并使用Rt-qPCR验证HOXC-AS2在结直肠癌细胞SW620和正常结肠细胞中FHC的差异表达。对HOXC-AS2进行生存分析,通过GSEA分析HOXC-AS2在结直肠癌中的功能,ESTIMATE算法进行评估HOXC-AS2与免疫浸润的关系。结果 鉴定出了结直肠癌患者中266个肿瘤特异超级增强子相关基因、单因素cox回归分析发现了33个超级增强子相关基因与患者生存预后相关,随机森林法基于这些基因构建出了拥有较强预后预测效能的结直肠癌预后模型。此外,超级增强子相关LncRNA HOXC-AS2在多种癌症中高表达,并且Rt-qPCR结果显示LncRNA HOXC-AS2在结直肠癌细胞株SW620中相对于正常结肠细胞FHC高表达。生存分析结果显示HOXC-AS2的高表达与结直肠癌患者预后不良高度相关,ESTIMATE算法分析表明LncRNA HOXC-AS2与肿瘤免疫浸润相关,GSEA分析表明LncRNA HOXC-AS2在结直肠癌发生发展中起重要作用。结论 基于结直癌特异超级增强子相关基因的预后模型可较为精准预测结直肠患者的生存情况,有助于指导结直肠癌患者的精准治疗;超级增强子相关LncRNA HOXC-AS2在结直肠癌的发生发展中起重要作用。

关 键 词：结直肠癌 超级增强子 长链非编码RNA 

分 类 号：R735.3[医药卫生—肿瘤]