基于全长cDNA序列的小麦cSNP发掘  

Wheat cSNP Mining Based on Full-Length cDNA Sequences

作　　者：毛新国[1] 汤继凤[1] 周荣华[1] 景蕊莲[1] 贾继增[1] 

机构地区：[1]中国农业科学院作物科学研究所/农作物基因资源与基因改良国家重大科学工程/农业部作物种质资源与生物技术重点开放实验室,北京100081

出　　处：《作物学报》2006年第12期1836-1840,共5页Acta Agronomica Sinica

基　　金：国家重点基础研究发展计划(973计划)项目(G2004011702)

摘　　要：以测序得到的来自小麦不同基因组的基因序列为源序列,用AutoSNP软件,在GenBank中的小麦EST库中检测到一批cSNP,开辟了一条发掘小麦基因组特异候选cSNP的新途径。在2089个源序列中,检测到1296个cSNP,其中有397个来自A基因组,322个来自S基因组,420个来自D基因组;另外,A和D基因组共有的SNP有154个,A和S,S和D,A、S和D基因组共有的SNP各仅有1个,这一结果也同时表明,小麦的3个基因组供体种中,A、D基因组关系比较近,而它们与S基因组的关系比较远。统计分析表明,小麦中SNP出现的频率约为0.914‰。Single nucleotide polymorphism(SNP),the third generation molecular marker,is a research focus because of its characteristics of large amount,high stability,wide distribution,easy,high-throughput detection and wide application.Most SNP mining methods were based on the amplification of target regions,except RFLP.Few applications of high-throughput SNP mining methods were reported in common wheat(Triticum aestivum)SNP detection because of its hexaploid,huge genome and high homologous among A,B and D genomes.Th...

关 键 词：单核苷酸多态性 基因组供体 转换 颠换 单体型 

分 类 号：S512.1[农业科学—作物学]