DNA编码序列设计的混合进化算法优化  

DNA Sequence Design Based on Hybridized Simulated Annealing Genetic Algorithm

作　　者：崔光照[1,2] 周君和[1] 王延峰[1,2] 罗亮 邵泽辉 

机构地区：[1]郑州轻工业学院电器信息工程学院 [2]华中科技大学控制科学与工程系,武汉430074 [3]华中科技大学控制科学与工程系

出　　处：《计算机与数字工程》2007年第7期4-6,26,共4页Computer & Digital Engineering

基　　金：国家自然科学基金(编号:60573190);河南省自然科学基金(编号:511011600;0211050900)资助

摘　　要：分析编码序列设计的目标及需要满足的约束条件,建立相应的数学模型,提出该模型的模拟退火遗传优化算法(HSAGA)。模拟退火采用串行优化结构,遗传算法采用群体并行搜索,两者结合成为并行算法。模拟退火作为一种自适应变概率的变异操作,可有效增强并补充遗传算法的进化能力。通过具体算法的实现,得出较高质量的DNA编码序列。Firstly,this paper sets up the mathematics model by analyzing the objective of the DNA sequence design problem and the restrictions that should be satisfied and present a new sequence design method-hybridized simulated annealing and genetic algorithm (HSAGA). The hybrid algorithm holds the series-parallel structure, that enhance its ability to obtain the optimal solution in the whole solution space. We design the detail of the algorithm and get a set of sequences with higher quality.

关 键 词：编码 模拟退火遗传算法 海明距离 相似性 

分 类 号：TP391.41[自动化与计算机技术—计算机应用技术]