猪细小病毒自然弱毒N株VP2基因的克隆、测序及生物信息学分析  

Cloning, Sequencing and Bioinformatics Analysis of VP2 Gene of Natural Attenuated Porcine Parvovirus N Strain

作　　者：李斌[1] 梁家幸[1] 赵武[1] 苏乾莲[1] 何颖[1] 梁保忠[1] 秦毅斌[1] 何苹萍[1] 

机构地区：[1]广西兽医研究所,南宁530001

出　　处：《基因组学与应用生物学》2010年第5期849-856,共8页Genomics and Applied Biology

基　　金：广西自然科学基金项目(桂科自0728102);广西基本科研业务费专项(桂兽研专项09-4)共同资助

摘　　要：本研究对猪细小病毒(porcine parvovirus,PPV)自然弱毒N株(PPV-N)VP2基因进行克隆、测序并利用生物信息学技术分析PPV-NVP2蛋白基因的同源性、遗传进化、密码子偏爱性、糖基化位点、磷酸化位点、B细胞抗原表位及其二、三级结构。结果表明:成功扩增出包含VP2基因完整目的片段(1901bp),构建了VP2基因的克隆重组质粒pMD18-T-VP2,测序获取VP2基因序列(1740bp)并将该序列登录到GenBank(HM355807)。PPVVP2基因属高度保守的基因;PPV-N株与PPV弱毒代表毒株NADL-2株亲缘性近,推测PPV-N株属于弱毒株;PPV-N株VP2基因氨基酸密码子偏爱以A结尾的密码子;PPV-N株VP2蛋白可能存在7个糖基化位点,其丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸可能分别有9、7、8个磷酸化位点,可能存在24个B细胞抗原表位;PPV-N株VP2蛋白二级结构预测,α-螺旋占11.74%,β-折叠占22.97%,无规则卷曲占65.28%,而三维结构预测VP2蛋白主要以无规则卷曲为主,存在多个螺旋和折叠区域。本研究结果为进一步阐释PPV-N株自然弱毒的分子机理提供依据,并为PPV分子诊断试剂及基因工程疫苗研究等提供有益借鉴。In this study, we report the cloning and sequencing of VP2 gene of natural attenuated porcine parvovirus N (PPV-N) strain, and analyze the homology, heredity evolution, codon preference, glycosylation sites, phosphorylation sites, B cell epitopes, secondary structure and three-dimensional structure of VP2 protein by using bioinformatics software. The results showed that we have amplified a 1 901 base pairs (bp) fragment containing ORF of VP2 gene and constructed the recombinant plasmid pMD18-T-VP2 successfu...

关 键 词：PPV-N株 VP2基因 克隆 测序 生物信息学分析 

分 类 号：S852.65[农业科学—基础兽医学]