大肠杆菌基因中密码对使用的规律  

Regularities of Codon-Pair Usage in E. coli Genes

作　　者：王志坚[1] 王芳平[1] 方玉田[1] 李宏 

机构地区：[1]天水师范学院物理与信息科学学院物理系,天水741001 [2]内蒙古大学物理科学与技术学院,呼和浩特010021

出　　处：《基因组学与应用生物学》2010年第5期976-981,共6页Genomics and Applied Biology

基　　金：国家自然科学基金项目(30660044)资助

摘　　要：为了探讨基因组序列的非随机性对密码对使用的影响程度,揭示依赖上下文的密码对偏爱性(CDCB)可能存在的规律,本文主要对大肠杆菌基因组中密码子及其紧邻密码子(密码对)偏爱作了全面的统计分析。结果发现85%的密码子在其紧邻密码子位点有显著依赖上下文的密码对偏爱性,通过密码对与全序列六联体(三联体对)的相对丰度比较发现,大约35%的密码对偏好性不能用基因组的序列组分来解释。当密码子第二和第三位点核苷酸相同,且紧邻密码子相同时,它们的相对丰度有显著相关性。结果表明我们的数据支持依赖上下文的密码子偏好的主要原因是蛋白质合成精确性选择的假设,即本文结果揭示了依赖上下文的密码对偏好性可能存在的规律,从而为今后进一步研究大肠杆菌基因组中密码对使用偏好性提供参考。In order to discuss the extent of influence of genomic sequence non-randomness and expose the possible regularities on context-dependent codon bias (CDCB). In this paper, a thorough statistical analysis of the distribution of all codons with N1 context (codon-pair) is carried out in the genome of E. coli. The results found that 85% of the codons had a statistically significant N1 context-dependent codon bias. The comparison of the relative abundance of each codon with an N1 context was compared with the rel...

关 键 词：基因组 密码对偏爱 紧邻密码子 同义密码子 

分 类 号：Q75[生物学—分子生物学]