基于密码子偏性的置换模型估计正向选择  

The Positive Selection Estimated by Codon Substitution Models with Codon Usage Bias

作　　者：张丽丽[1] 刘心声[1] 

机构地区：[1]南京航空航天大学航空宇航学院理学院,江苏南京210016

出　　处：《生物数学学报》2014年第2期297-302,共6页Journal of Biomathematics

基　　金：国家自然科学基金(61374183;10971097)

摘　　要：由于遗传密码子的简并性特征,大多氨基酸由多于一种密码子编码.在蛋白质编码过程中,同义密码子间的使用有着较显著的偏差,即同义密码于使用频率不等.应用CUSP软件对数据集H3N2和MHC进行同义密码子使用偏性的分析,然后基于同义密码子的使用偏性建立新的密码子置换模型,并在此模型的基础上分析物种的正向选择性.分析结果表明新的密码子置换模型能更好地拟合数据,由此可得到更加可靠的参数估计值.Due to the degeneracy of genetic codon,most amino acids are coded by more than one codon.In the protein-coding process,the usage of synonymous codons for encoding amino acids exhibits significant codon bias,that is,unequal usage of synonymous codons.In this paper,coding sequences of H3N2 and MHC gene are analyzed by CUSP program for identifying codon bias.Then we implement codon substitution model with codon usage bias to detect positive selection at the DNA level.The analytic results suggest that the new codon substitution model can provide a better fit to data comparing with existing codon model and can produce more reliable estimates of parameters.

关 键 词：极大似然估计 密码子置换模型 密码子使用偏性 正向选择 

分 类 号：O157.4[理学—数学]