RNA假结结构分析  

Analysis on RNA pseudoknot structure

作　　者：刘元宁[1,2] 张浩[1,2] 李誌[3] 崔广迪 苗轶蝉 

机构地区：[1]吉林大学计算机科学与技术学院,长春130012 [2]吉林大学符号计算与知识工程教育部重点实验室,长春130012 [3]长春理工大学应用技术学院,长春130022

出　　处：《吉林大学学报（工学版）》2009年第S1期265-269,共5页Journal of Jilin University:Engineering and Technology Edition

基　　金：国家自然科学基金项目(60433020)

摘　　要：根据RNA二级结构的5个基本组成部分———自由单链、发夹环、凸环、内环、多分支环,补充提出了14种类型的假结结构,并使用一种改进的RNA平面结构表示法———弧图。依据弧图,不仅给出了假结的形式化定义,而且将这14种结构分为三类:单交叉、自交叉与双交叉。上述三类交叉是假结的基本交叉类型,所有的假结结构或属于这三种交叉中的一种或属于其组合,研究结果可有助于提高包括假结的二级结构预测的可靠性和准确性。The 14 kinds of pseudoknot structure as supplement was proposed based on the research of Pleij.These structures rely on the 5 primary components of RNA secondary structure(free single strand,interior loop,hairpin loop,bulge loop,multi-branched loop).This paper defines an notation of RNA plane structure arc on the basis of research of predecessors.According to the different arcs,the formal definition of pseudoknot structure was firstly given, and the pseudoknot structure is divided into 3 classes: single-cross,auto-cross,double-cross.They are the simplest cross of pseudoknot structure.Pseudoknot structure can only be one or combination of above three crosses,the results will be helpful for prediction of RNA secondary structure with pseudoknot.

关 键 词：人工智能 RNA二级结构 假结 弧图 交叉 

分 类 号：Q522[生物学—生物化学]