RNA二级结构

作品数:171被引量:316H指数:10
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基于多解并行遗传算法预测RNA二级结构及假结
《淮北师范大学学报(自然科学版)》2023年第2期63-69,共7页尹正胜 崔梦琦 徐成振 吴晓敏 
安徽省自然科学基金项目(1908085QF286,2208085MC65);闽南师范大学智能优化与信息处理重点实验室开放项目(ZNYH202003)。
非编码RNA功能通常与其结构密切相关,准确预测RNA的二级结构有助于揭示RNA的功能。在传统的遗传算法基础上,结合RNA二级结构和假结的特点,提出一种多解并行的遗传算法预测RNA二级结构和假结。首先构建茎区池和初始解集;然后根据RNA二级...
关键词:遗传算法 多解并行 RNA二级结构 假结 预测方法 
植物体内RNA二级结构探测方法的研究进展被引量:1
《生物技术通报》2023年第2期51-62,共12页周晞雯 成柯 朱鸿亮 
国家自然科学基金项目(31972472)。
生物体内的RNA因氢键等作用配对折叠形成复杂的二级结构及三级结构,并根据环境产生动态变化,由此行使功能。植物中的基因表达调控及配体感应都与RNA的结构相关,RNA结构也被认为是转录后调控的一项影响因素,RNA的结构对与之互作的蛋白的...
关键词:RNA结构 二级结构 探测方法 植物生理 
gRNA二级结构对拟南芥HD2基因CRISPR/Cas9编辑率的影响
《复旦学报(自然科学版)》2022年第2期146-157,共12页黄轩雅 欧艺鹏 魏淑怡 林娟 
国家自然基金面上项目(31170287)。
近年来,利用基因编辑工具编辑特定基因逐渐成为一种获得突变体的主要方法。CRISPR/Cas9编辑技术是目前最新和最高效的基因编辑技术。然而,这一技术在植物中的编辑率受到很多因素的影响,例如如何设计gRNA以及如何避免脱靶效应等。为了探...
关键词:CRISPR/Cas9 gRNA RNA二级结构 HD2基因亚家族 编辑率 
不同基因型腐烂茎线虫群体杂交后代分子特征比较被引量:3
《生物技术通报》2021年第7期118-126,共9页倪春辉 李惠霞 李文豪 刘永刚 徐雪芬 韩变 
国家自然科学基金项目(31760507);国家重点研发计划子课题(2018YFC1706301-5);甘肃省现代农业产业体系(中草药)(GARS-ZYC-4)。
为了明确不同基因型腐烂茎线虫(Ditylenchus destructor)是否具有生殖隔离及杂交后代的变异程度,选用1条3-4龄幼虫与5条雄虫,将不同基因型群体进行生物学杂交,对F1代数量、ITS-rDNA序列及其二级结构比对分析。结果表明,杂交产生F1代数...
关键词:腐烂茎线虫 基因型 杂交 RNA二级结构 
茶树CsCHLI基因的克隆及其在不同叶色白化茶树中的表达分析被引量:1
《茶叶科学》2021年第3期327-336,共10页赵逸清 刘政均 张田鑫 赵彦婷 肖斌 高岳芳 
国家自然科学基金(31700612);陕西省自然科学基金(2019JQ-082);咸阳市科技计划项目(2019k01-52)。
镁离子螯合酶是叶绿素合成过程中的关键酶之一,与植物叶色的白化现象密切相关。以陕茶1号、白叶1号、极白1号、黄金芽和黄金叶等5个茶树品种叶片为试验材料,分别克隆其镁离子螯合酶I亚基(Mg-chelatase I subunit,CHLI)编码基因CsCHLI全...
关键词:茶树 CsCHLI 亚细胞定位 RNA二级结构 叶绿素含量 
新型冠状病毒基因组5'非翻译区内部核糖体进入位点的生物信息学初探被引量:1
《华西药学杂志》2021年第3期241-247,共7页陈永乐 平美萱 李晓红 
目的初步探索新型冠状病毒(SARS-CoV-2)基因组5'非翻译区(5'UTRs)中的内部核糖体进入位点(IRESs),分析其翻译机制。方法对SARS-CoV-2基因组5'UTR进行序列比对和GC含量分析,用Mfold软件模拟RNA二级结构,用IRESfinder和IRESpy软件预测IRE...
关键词:新型冠状病毒 5'非翻译区 内部核糖体进入位点 RNA二级结构 翻译起始 生物学信息 
绝经后骨质疏松症差异表达lncRNAs及其靶基因抑瘤素M在外周血的表达研究被引量:2
《中国骨质疏松杂志》2021年第3期359-363,共5页李生强 谢冰颖 陈娟 谢丽华 叶云金 黄景文 葛继荣 
国家自然科学基金资助项目(81774350);福建省自然科学基金项目(2019J01339);福建省科技厅省属公益类科研院所基本科研专项(2019R1003-1)。
目的探讨绝经后骨质疏松症差异表达lncRNAs及其靶基因抑瘤素M(oncostatin M,OSM)在绝经后骨质疏松症外周血的表达及其意义。方法在前期lncRNA-mRNA芯片检测绝经后骨质疏松症差异lncRNAs并进行共表达分析的基础上,利用blat软件分析lncRNA...
关键词:长链非编码RNA 抑瘤素M 绝经后骨质疏松症 RNA二级结构 lncRNA TTC28-AS1 linc-IRF2BP2-1 linc-FAM126B-1 
木薯中lncRNA-CRR5在低温胁迫下的功能分析被引量:2
《热带作物学报》2021年第1期40-46,共7页沈婕 董世满 李淑霞 彭明 
国家自然科学基金青年基金项目(No.31701484);国家自然科学基金国际合作与交流项目(No.31561143012);国家重点研发计划项目(No.2018YFD1000500)。
低温胁迫严重影响木薯的生长、产量以及块根品质。长链非编码RNAs(lncRNAs)作为关键的调节因子,在植物响应非生物胁迫过程中发挥重要的功能。然而,lncRNAs在木薯中的功能和调控机制尚无报道。因此,为了研究木薯lncRNAs在低温胁迫应答中...
关键词:木薯 低温胁迫 lncRNA 功能分析 同源性分析 RNA二级结构预测 共表达基因分析 靶基因 
翻译延伸的顺式调控机理与生物学效应被引量:6
《遗传》2020年第7期613-631,共19页肇涛澜 张硕 钱文峰 
国家重点研发计划项目(编号:2019YFA0508700);国家自然科学基金项目(编号:31900455,91331112)资助。
翻译延伸是核糖体将信使RNA(mRNA)蕴含的遗传信息解码为蛋白质的有序过程,是细胞维持基本代谢活动的核心步骤。多种人类疾病(如神经退行性疾病、癌症等)都与翻译延伸的异常有关。翻译延伸作为中心法则的关键步骤曾是现代分子生物学研究...
关键词:翻译延伸 核糖体 核糖体印迹测序 蛋白质共翻译折叠 密码子使用偏好 RNA二级结构 新生肽链 
长非编码RNA与SAFB1相互作用中RNA二级结构的作用
《四川大学学报(自然科学版)》2019年第4期743-748,共6页李晓杰 缪辉 王迪 詹浩淼 王琳琳 吴传芳 
国家自然科学基金(81490752)
为探究RNA与SAFB1蛋白相互作用过程中RNA二级结构的作用.采用足迹法确定SAFB1与LINC-PINT-1特定的结合区域,在此基础上根据RNA结构分析研究SAFB1结合区域所具有特定的二级结构.最后通过凝胶迁移率实验论证该二级结构在RNA与SAFB1蛋白结...
关键词:RNA SAFB1蛋白 RNA二级结构 亚克隆 凝胶迁移率 
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