RNA二级结构预测

作品数：58被引量：116H指数：7
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木薯中lncRNA-CRR5在低温胁迫下的功能分析被引量：2
《热带作物学报》2021年第1期40-46,共7页沈婕 董世满 李淑霞 彭明 
国家自然科学基金青年基金项目(No.31701484);国家自然科学基金国际合作与交流项目(No.31561143012);国家重点研发计划项目(No.2018YFD1000500)。
低温胁迫严重影响木薯的生长、产量以及块根品质。长链非编码RNAs(lncRNAs)作为关键的调节因子,在植物响应非生物胁迫过程中发挥重要的功能。然而,lncRNAs在木薯中的功能和调控机制尚无报道。因此,为了研究木薯lncRNAs在低温胁迫应答中...
关键词：木薯 低温胁迫 lncRNA 功能分析 同源性分析 RNA二级结构预测 共表达基因分析 靶基因 
一种自适应序列长度的RNA二级结构深度预测方法
《小型微型计算机系统》2019年第8期1799-1803,共5页吴宏杰 汤烨 陆卫忠 崔志明 付保川 GAO Zhen 
国家自然科学基金项目(61772357,61876217,61672371,61502329)资助;江苏省333人才项目资助;江苏省六大人才高峰项目(DZXX-010)资助;苏州市科技项目(SYG201704,SNG201610)资助
RNA二级结构预测是结构生物信息学中的一个重要问题.带假结的RNA二级结构预测,由于复杂的假结结构,更是增加了预测的难度.传统的机器学习方法受限于学习模型的结构,输入特征数目必须固定.大部分方法将不同长度的序列统一截断后进行训练...
关键词：RNA二级结构预测 递归神经网络 动态加权 假结 碱基 
基于激光光谱分析的RNA二级结构预测被引量：1
《激光杂志》2019年第6期32-36,共5页李熹 杨运煌 
广西高校中青年教师基础能力提升项目(No.2017KY0177)
基于副本交换的局部增强差分进化蛋白质结构预测方法,对RNA二级结构进行预测时,信息的筛选不够充分,预测性能差。提出基于激光光谱分析的RNA二级结构预测方法,采用基于激光光谱能量的动态划分算法搜索光谱能量最细微的光谱茎区,通过Hopf...
关键词：激光光谱 RNA二级结构 贪心算法 光谱茎区 光谱能量 
利用量子遗传算法实现RNA二级结构预测
《西安电子科技大学学报》2018年第4期112-117,共6页刘阳 李佳桥 王凡 王增斌 石莎 
国家自然科学基金资助项目(61502376;61771377;61301172);陕西省国际科技合作与交流计划资助项目(2015KW-037;2017KW-003)
由于基于最小自由能模型的传统算法复杂度高且搜索效率低,故利用量子遗传算法提出了一种新的核糖核酸二级结构的预测算法.该算法将种群信息加载到量子比特上完成初始化,通过量子酉变换(量子逻辑门)实现种群的更新与演化,借助于量子计算...
关键词：量子计算 量子算法 量子模拟 核糖核酸 二级结构预测 
用并行蚁群系统解决带假结RNA二级结构预测被引量：1
《小型微型计算机系统》2017年第10期2242-2246,共5页蔡磊鑫 顾倜 王帅 吕强 
国家自然科学基金项目(61170125)资助
RNA是生物遗传信息的中间载体,在基因编码、解码、调控和表达等方面具有重要作用.RNA二级结构预测是理解RNA生化功能的主要途径.假结是最广泛的RNA结构单元.带假结的RNA二级结构预测难度大,已被证明是一个NP完全问题,至今未找到该问题...
关键词：假结 RNA二级结构预测 最大最小蚁群 并行 共享信息素矩阵 
基于OpenCL的RNA二级结构预测算法被引量：1
《计算机技术与发展》2017年第9期1-6,共6页汪方良 施慧彬 
国家"973"重点基础研究发展计划项目(2014CB744900)
包含假结的RNA二级结构预测在计算分子生物学中一直是一个重要的研究领域,而预测包含任意类型假结结构已被证明为NP完全问题。为了解决此类问题,在CPU平台上实现了一种改进的遗传算法。该算法可预测包含两类假结结构的RNA序列,敏感性可...
关键词：RNA二级结构预测 假结 OPENCL 异构计算 
多目标遗传算法的含假结RNA二级结构预测
《生物信息学》2017年第3期142-148,共7页顾倜 蔡磊鑫 王帅 吕强 
国家自然科学基金(61170125)
假结是RNA中一种重要的结构,由于建模的困难导致它更难被预测。通过碱基之间的配对概率来预测含假结RNA二级结构的Prob Knot算法具有很高的精度,但该算法仅用了配对概率作为预测依据,导致阴性配对大量出现,因此精度中的特异性较低。实...
关键词：RNA二级结构 假结 多目标优化 遗传算法 最大期望精度 
RNA二级结构预测优化模型的仿真分析被引量：1
《计算机仿真》2016年第7期323-326,共4页李熹 
2015年度广西民族大学校级科研项目(2015MDYB016)
由于RNA的结构与功能密切相关,可通过预测RNA的结构可以深入挖掘其功能,研究分子生物的重要性能。传统的预测方法主要是通过RNA的功能特征进行预测,在针对海量RNA序列时,RNA分子降解速度快导致功能特征多样化,增加了计算的复杂性,导致...
关键词：二级结构 预测 模拟淬火 
基于遗传模拟退火混合算法的RNA二级结构预测
《软件导刊》2016年第6期27-30,共4页黄进 宋余庆 凌青华 
江苏省自然科学基金项目(BK20130529);高等学校博士学科点专项科研基金项目(20113227110010)
RNA二级结构预测是生物信息学中非常重要的内容。RNA二级结构的准确预测有助于生物研究者了解RNA分子在生物体内中所起到的重要作用。近年来,基于最小自由能模型的启发式算法常被运用于预测RNA二级结构。遗传算法和模拟退火算法是常见...
关键词：RNA二级结构 最小自由能 茎区 遗传算法 模拟退火算法 
基于OpenCL大规模种群并行遗传算法
《计算机与现代化》2016年第3期30-34,共5页徐沛彦 施慧彬 
为了提高RNA二级结构预测的准确率和加速遗传算法,提出基于OpenCL大规模种群并行遗传算法。通过研究遗传算法中潜在的并行性,以Acer TMP246M-MG-5086为实验平台,先在CPU中实现遗传算法,再使用OpenCL技术在GPU中实现大规模种群并行遗传...
关键词：大规模种群 并行遗传算法 RNA二级结构预测 
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