二级结构预测

作品数：213被引量：399H指数：9
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基于深度学习的核糖核酸二级结构预测方法
《吉林大学学报(工学版)》2025年第1期297-306,共10页刘元宁 臧子楠 张浩 刘震 
吉林省自然科学基金项目(YDZJ202101ZYTS144)。
本文提出了一种基于深度学习的方法 UCEfold,用于预测核糖核酸(Ribonucleic acid,RNA)二级结构。UCEfold是一种同时采用“序列”和“图像”作为深度学习模型输入提取隐藏特征的全新方法,并在模型中加入一定的先验知识提高预测精度。在RN...
关键词：计算机应用 深度学习 核糖核酸二级结构预测 假结 注意力机制 
禽偏肺病毒F和G蛋白二级结构预测及其细胞抗原表位分析
《养禽与禽病防治》2023年第12期27-36,共10页陈基明 唐雪梅 卢锦 陈春婷 谢庆华 黄裕富 梁敏 杨福剑 陈莹 磨美兰 
国家重点研发计划项目(2021YFD1300100);国家现代农业产业技术体系一广西肉鸡产业创新团队建设项目(nycytxgxcxtd)。
【目的】对禽偏肺病毒(Avian metapneumovirus,aMPV)的主要抗原结构蛋白F和G蛋白的结构和功能进行分析。【方法】从GenBank获取我国主要流行B亚型aMPV毒株LN16的F和G蛋白序列,通过生物信息学软件预测其二级结构以及B细胞与T细胞抗原表...
关键词：禽偏肺病毒 二级结构 抗原表位 LN16毒株 
基于自注意力机制和GAN的蛋白质二级结构预测
《中国科技论文在线精品论文》2023年第2期148-159,共12页杨璐 董洪伟 
蛋白质二级结构预测是蛋白质组计划中的一个重要组成部分,为提高蛋白质二级结构的预测准确率,同时减小训练规模,提出了一种基于自注意力生成对抗网络(Self-Attention generative adversarial network,SA-GAN)的深度学习模型。该模型利...
关键词：人工智能 蛋白质二级结构预测 卷积神经网络(CNN) 生成对抗网络(GAN) 自注意力机制 
基于Wasserstein生成对抗网络和残差网络的8类蛋白质二级结构预测
《计算生物学》2023年第1期1-9,共9页李舜 马玉明 刘毅慧 
蛋白质二级结构包含充分的蛋白质信息,而且蛋白质二级结构是研究蛋白质三级结构和药物设计的基础,因此,本文提出了一种基于Wasserstein生成对抗网络(WGAN)和残差网络(ResNet)的蛋白质8态二级结构预测的方法。该方法首先通过Wasserstein...
关键词：生成对抗网络 残差网络 蛋白质二级结构 特征提取 深层网络 二级结构预测 预测准确率 药物设计 
水稻蛋白质二级结构预测
《贵州大学学报（自然科学版）》2022年第2期45-49,65,共6页高光芹 宛新生 李晓 黄家荣 王潇然 
国家自然科学基金资助项目(31401450)。
针对水稻蛋白质二级结构预测研究,查阅了国家水稻数据中心文献资源,基于国际蛋白质数据库(protein data bank,PDB),选择具有代表性的蛋白质(5XQI)作为样本,应用BP神经网络建模技术,对水稻蛋白质二级结构进行预测研究。结果表明:先用氨...
关键词：水稻 蛋白质 二级结构 预测 BP神经网络 
布氏锥虫自噬蛋白ATG12的表达、纯化及二级结构预测
《生物技术》2022年第2期146-152,共7页王瑞 崔冲 郑伟 涂晓明 
河南科技大学博士启动基金项目(4020/13480038);国家自然科学基金面上项目(31270780)。
[目的]表达纯化布氏锥虫自噬蛋白TbATG12,并对其二级结构进行预测。[方法]克隆TbATG12编码序列,采用酶切连接方法构建表达载体TbATG12(pET-28a),转化进入BL21(DE3)表达菌株诱导蛋白表达,利用Ni^(2+)-NAT亲和层析及分子筛层析方法纯化蛋...
关键词：布氏锥虫 TbATG12 自噬 蛋白表达纯化 二级结构 保守结构 
利用双树复小波特征进行蛋白质二级结构预测被引量：1
《计算机工程与应用》2022年第3期230-234,共5页陈璐 高翠芳 鲁海燕 
国家自然科学基金青年基金(61402202);中国博士后科学基金(2015M581724);江苏省博士后科学基金(1401099C)。
识别蛋白质二级结构对于蛋白质的特征和性质研究具有很重要的作用。用Cα原子三维空间坐标把蛋白质序列映射为距离矩阵,针对距离矩阵中隐含的纹理信息,用双树复小波变换对矩阵进行4级分解,提取不同方向的子带能量和标准偏差,得到48维特...
关键词：蛋白质 二级结构预测 双树复小波变换 纹理特征 支持向量机 
基于优化的卷积神经网络的蛋白质二级结构预测被引量：3
《计算机应用与软件》2021年第7期147-152,166,共7页赵亚武 刘毅慧 
国家自然科学基金项目(61375013);山东省自然科学基金项目(ZR2013FM020)。
蛋白质二级结构预测对确定蛋白质的空间结构和功能有极其重要的意义。融合卷积神经网络和贝叶斯优化模型,优化卷积神经网络的网络框架和超参数。采用优化后的卷积神经网络在测试集CASP9、CASP10、CASP11、CASP12、CB513和25PDB上获得了8...
关键词：蛋白质二级结构预测 贝叶斯优化 卷积神经网络 生物信息学 
柯萨奇病毒B5的VP1区域基因特征分析及蛋白二级结构预测被引量：2
《病毒学报》2021年第1期106-114,共9页饶清 龙淑英 何文姬 蒋鸿超 孙强明 张桢 
中国医学科学院创新工程项目暨创新型疫苗研究(项目号:2016-I2M-1-19)。
柯萨奇病毒B组5型(Coxsackievirus B5,CVB5)感染人体后可引起一系列疾病,包括上呼吸道感染、腹泻、手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)、病毒性脑炎、无菌性脑膜炎、胰腺炎、弛缓性麻痹、扩张性心肌炎以及糖尿病等症状。为了...
关键词：手足口病(HFMD) 柯萨奇病毒B组5型(CVB5) 进化分析 基因特征 
木薯中lncRNA-CRR5在低温胁迫下的功能分析被引量：2
《热带作物学报》2021年第1期40-46,共7页沈婕 董世满 李淑霞 彭明 
国家自然科学基金青年基金项目(No.31701484);国家自然科学基金国际合作与交流项目(No.31561143012);国家重点研发计划项目(No.2018YFD1000500)。
低温胁迫严重影响木薯的生长、产量以及块根品质。长链非编码RNAs(lncRNAs)作为关键的调节因子,在植物响应非生物胁迫过程中发挥重要的功能。然而,lncRNAs在木薯中的功能和调控机制尚无报道。因此,为了研究木薯lncRNAs在低温胁迫应答中...
关键词：木薯 低温胁迫 lncRNA 功能分析 同源性分析 RNA二级结构预测 共表达基因分析 靶基因 
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