蛋白质二级结构预测

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基于自注意力机制和GAN的蛋白质二级结构预测
《中国科技论文在线精品论文》2023年第2期148-159,共12页杨璐 董洪伟 
蛋白质二级结构预测是蛋白质组计划中的一个重要组成部分,为提高蛋白质二级结构的预测准确率,同时减小训练规模,提出了一种基于自注意力生成对抗网络(Self-Attention generative adversarial network,SA-GAN)的深度学习模型。该模型利...
关键词：人工智能 蛋白质二级结构预测 卷积神经网络(CNN) 生成对抗网络(GAN) 自注意力机制 
利用双树复小波特征进行蛋白质二级结构预测被引量：1
《计算机工程与应用》2022年第3期230-234,共5页陈璐 高翠芳 鲁海燕 
国家自然科学基金青年基金(61402202);中国博士后科学基金(2015M581724);江苏省博士后科学基金(1401099C)。
识别蛋白质二级结构对于蛋白质的特征和性质研究具有很重要的作用。用Cα原子三维空间坐标把蛋白质序列映射为距离矩阵,针对距离矩阵中隐含的纹理信息,用双树复小波变换对矩阵进行4级分解,提取不同方向的子带能量和标准偏差,得到48维特...
关键词：蛋白质 二级结构预测 双树复小波变换 纹理特征 支持向量机 
基于优化的卷积神经网络的蛋白质二级结构预测被引量：3
《计算机应用与软件》2021年第7期147-152,166,共7页赵亚武 刘毅慧 
国家自然科学基金项目(61375013);山东省自然科学基金项目(ZR2013FM020)。
蛋白质二级结构预测对确定蛋白质的空间结构和功能有极其重要的意义。融合卷积神经网络和贝叶斯优化模型,优化卷积神经网络的网络框架和超参数。采用优化后的卷积神经网络在测试集CASP9、CASP10、CASP11、CASP12、CB513和25PDB上获得了8...
关键词：蛋白质二级结构预测 贝叶斯优化 卷积神经网络 生物信息学 
基于生成对抗和卷积神经网络的蛋白质二级结构预测被引量：1
《计算生物学》2020年第4期49-56,共8页赵亚武 张华兰 刘毅慧 
在生物信息学领域,对于蛋白质二级结构预测是一项具有挑战性的任务,对于确定蛋白质的结构和功能有着极其重要的意义。本文融合了生成对抗网络和卷积神经网络模型进行蛋白质二级结构预测,首先利用生成对抗网络提取蛋白质特征,其次将生成...
关键词：生物信息学 生成对抗网络 卷积神经网络 蛋白质二级结构预测 
基于长短时记忆循环网络和基团特征的蛋白质二级结构预测
《计算生物学》2020年第4期57-68,共12页韩心怡 刘毅慧 
蛋白质二级结构预测是蛋白质结构研究领域的重要课题,随着机器学习和深度学习的发展,多种多样的预测模型被提出,实验采用双向长短时记忆循环网络模型,取消滑动窗口限制,充分考虑氨基酸长距离相互作用和氨基酸序列前后文之间的相互影响...
关键词：蛋白质 蛋白质二级结构预测 循环网络 基团 结构预测 
基于多尺度卷积和循环神经网络的蛋白质二级结构预测被引量：2
《基因组学与应用生物学》2020年第7期3025-3030,共6页包晨 董洪伟 钱军浩 
蛋白质的二级结构预测是生物信息学中的一个重要问题。本研究针对传统的蛋白质结构预测模型精度不够高的问题,提出一种端到端的融合多次多尺度卷积和多层次双向长短期记忆网络的模型,充分提取了氨基酸序列的局部和长程的特征信息,进而...
关键词：蛋白质二级结构 多尺度卷积 循环神经网络 
蛋白质二级结构预测服务器PSRSM被引量：3
《生物信息学》2020年第2期116-126,共11页韩心怡 刘毅慧 
国家自然科学基金(No.61375013);山东省自然科学基金(No.ZR2013FM020)资助.
蛋白质二级结构预测是蛋白质结构研究的一个重要环节,大量的新预测方法被提出的同时,也不断有新的蛋白质二级结构预测服务器出现。试验选取7种目前常用的蛋白质二级结构预测服务器:PSRSM、SPOT-1D、MUFOLD、Spider3、RaptorX,Psipred和J...
关键词：蛋白质 蛋白质二级结构预测 PSRSM 预测方法评估 
优化多核SVM的蛋白质二级结构预测被引量：2
《现代电子技术》2020年第8期139-142,共4页刘斌 温雪岩 
国家自然科学基金资助项目(61871260)。
蛋白质序列的不同特征提取方式对蛋白质结构分类有很大的影响。为更好地表达蛋白质结构信息,基于特征融合思想构建特征向量,并使用一种基于多核支持向量机的方法,以多个核函数的线性加权代替传统的单一核函数,在对多类特征进行整合后构...
关键词：蛋白质 二级结构预测 多核支持向量机 特征提取 特征融合 线性加权 
基于小波特征提取和支持向量机的蛋白质二级结构预测
《生物医学》2019年第1期17-22,共6页王剑 成金勇 
国家自然科学基金(61375013);山东省自然科学基金(ZR2013FM020)。
蛋白质的结构对理解蛋白质的生物学功能意义重大,蛋白质结构的预测就能预测和理解未知蛋白质生物学功能的作用,并且蛋白质二级结构的预测是对蛋白质结构的预测起决定性作用的,在蛋白质二级结构预测的研究中,将蛋白质单个残基用位置特异...
关键词：蛋白质二级结构预测 位置特异性打分矩阵 伪图像 小波变换 支持向量机 
基于卷积神经网络和Softmax的蛋白质二级结构预测
《计算机科学与应用》2019年第2期450-457,共8页王蕾蕾 成金勇 
山东省自然科学基金(No.ZR2017LB024)项目资助.
蛋白质二级结构预测是生物信息学的重要组成部分,在生物信息学领域具有重要意义。本文提出了一种新的卷积神经网络结合Softmax分类器的算法预测蛋白质二级结构。首先用改进的卷积神经网络对蛋白质氨基酸序列进行特征提取,然后把卷积神...
关键词：蛋白质二级结构 卷积神经网络 Softmax分类器 
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