一种有效的肿瘤特征基因筛选方法  

An effective feature genes selection method

作　　者：李建更[1] 李辉[1] 阮晓钢[1] 

机构地区：[1]北京工业大学电子信息与控制工程学院,北京100124

出　　处：《中南大学学报（自然科学版）》2013年第S2期284-288,共5页Journal of Central South University:Science and Technology

基　　金：北京市教育委员会科技计划项目(JC002011200903);国家科技重大专项(2009ZX07212-003);国家自然科学基金资助项目(61075110)

摘　　要：提出一种新的特征基因选择方法(PLS_VIP_CFFS),将偏最小二乘变量投影重要性指标与启发式前向搜索结合。利用PLS_VIP_CFFS对胃癌、肺癌、白血病等4组基因表达谱数据进行特征基因的选择,将选择结果与支持向量机等分类方法结合未处理原数据集,考察特异性、敏感性及平均准确率等指标,并从生物学角度分析选取的特征基因。PLS_VIP_CFFS在4组数据集上选取的特征基因具有较强的生物意义,结合多种分类器所得各项指标以及分类正确率都比较高,因此,PLS_VIP_CFFS可作为一种可靠的特征基因选取方法。A novel selection method(PLS_VIP_CFFS) was presented,which combines partial least squares variable importance in projection with heuristic forward search(PLS_VIP_CFFS).To prove the advantage of PLS_VIP_CFFS,it was applied to the selection of feature genes using lung cancer,colon cancer,gastric cancer and leukemia data sets.Then,the feature genes were used in classifiers,such as SVM and CLUSTER.The specificity sensibility and balance accuracy of the classifiers and the major biological function of the feature genes were provided.The results show that PLS_VIP_CFFS is a reliable selection technique.

关 键 词：特征基因 偏最小二乘 支持向量机 特异性 敏感性 平均准确率 

分 类 号：TP311.13[自动化与计算机技术—计算机软件与理论]