一种新的蛋白质结构编码方法及其应用  

A NEW ENCODING SCHEME FOR PROTEIN STRUCTURE AND ITS APPLICATION

作　　者：陈双平[1] 郑浩然[2] 宁岩[2] 王煦法[2] 

机构地区：[1]中国科学技术大学电子工程和信息科学系,合肥230027 [2]中国科学技术大学计算机科学与技术系,合肥230027

出　　处：《生物物理学报》2005年第2期114-120,共7页Acta Biophysica Sinica

基　　金：中国科学院研究生科学与社会实践资助专项(蛋白质构象空间分析);中国科学技术大学高水平大学建设重点项目(蛋白质空间结构的生物信息学);中国科学技术大学青年基金资助(基于自然机理的快速进化模型及应用研究)。

摘　　要：基于四肽构象的可视化聚类的结果,提出了一种新的编码方法,由此可将蛋白质三维构象空间映射到:一维编码空间,将蛋白质三维结构空间中的模式搜索和模式发现问题转化为一维编码空间中的相应问题。通过两个算法从模式检索以及模式发现两方面验证了编码的有效性;同时利用熵的概念探讨了序列、结构之间的相关度,得到了一些重要的序列-结构模式。实验结果表明,该编码方法能更加准确地反映四肽构象空间中的分布情况,其结果可解释性更强。Based on the results of visualized clustering of tetra-peptide conformations in native protein structures, a new encoding scheme that converts 3D structure of proteins into character strings is advanced. Thus, the problem of seeking motifs of protein structures can be solved in a character sequence space. The reliability and accuracy of the scheme are validated based on two algorithms that are deve- loped for querying and discovering motifs. The concept of entropy is introduced to explore the relations between amino acid sequence and structure of proteins, and hundreds of sequence-structure motifs are obtained. Compared with results of other methods, the scheme is more accurate and explicable.

关 键 词：编码 熵 序列-结构模式 四肽构象空间 

分 类 号：Q71[生物学—分子生物学]