ARMS实时PCR基因分型特异性的研究  

Study on the Specificity of ARMS Real-time PCR Genotyping

作　　者：郑薇薇[1] 梁基选[2] 李庆阁[1] 

机构地区：[1]厦门大学生命科学学院生物医学系,细胞生物学与肿瘤细胞工程教育部重点实验室 [2]厦门大学医学院抗癌研究中心,福建厦门361005

出　　处：《厦门大学学报（自然科学版）》2005年第B06期135-139,共5页Journal of Xiamen University：Natural Science

基　　金：国家自然科学基金(30170834);福建省自然科学基金重点项目(C0220002)资助

摘　　要：以原癌基因Kras基因12位密码子的4种基因型(野生型为GGT,突变型为AGT、TGT、CGT)质粒DNA为研究模型,采用SYBRGreenⅠ为实时PCR指示剂,进行ARMS实时PCR基因分型特异性的研究.结果表明:在和模板匹配的ARMS引物3′端附近引入故意错配碱基,将ARMS引物浓度稀释10倍,并对传统三步PCR循环进行改良,即根据目的产物和引物二聚体的熔点差异,在传统延伸步骤之后增加一步恒温80℃检测荧光步骤,可消除引物二聚体的影响,使ARMS引物的特异性增强,得到清晰的基因分型结果.实验表明这种基于SYBRGreenⅠ的ARMS实时PCR基因分型方法,无需合成探针,实验设计简单,是一种快速、简便、经济、特异性好的基因分型方法,可推广用于其他基因的分型,并可望成为应用于临床的基因诊断技术之一.A kind of Plasmids containing four different genotypes in codon 12 of K-ras gene (which wild type is GGT and mutants are AGT,TGT,CGT,respectively) was used as model to study the specificity of ARMS primers-based real-time PCR genotyping.Based on the melting temperature difference between the primer dimmer and the amplicon,a four-step PCR protocol that could eliminate primer dimmer interference was established,where the fluorescence was measured at the forth step of 80℃.The results showed that using ARMS primers harboring additional mismatch at (n-3) position could further greatly increase the specificity of the genotyping.ARMS real-time PCR genotyping proved to be a rapid,simple,cost effective,and reliable genotyping method.It could be applicable to genotyping of a variety of genes and had the potential to apply in clinical diagnosis.

关 键 词：基因分型 特异性 PCR 实时 Green 引物二聚体 基因诊断技术 SYBR 分型方法 RAS基因 质粒DNA 原癌基因 研究模型 引物浓度 模板匹配 实验设计 GGT 野生型 基因型 密码子 12位 AGT 突变型 TGT 指示剂 R基因 传统 碱基 错配 

分 类 号：Q987[生物学—遗传学] Q78[生物学—人类学]