中国明对虾基因组串联重复序列分析  

作　　者：孔杰[1] 高焕[2,3] 

机构地区：[1]农业部海洋渔业资源可持续利用重点开放实验室,中国水产科学研究院黄海水产研究所 [2]中国科学院海洋研究所 [3]中国科学院研究生院,北京100039

出　　处：《科学通报》2005年第13期1340-1347,共8页Chinese Science Bulletin

基　　金：国家重点基础研究发展规划(批准号:G1999012007);国家高技术研究发展计划(批准号:2003AA603021);中国水产科学院水产种质资源与养殖技术重点开放实验室开放基金(南海水产研究所)资助项目

摘　　要：串联重复序列包括微卫星和小卫星重复序列, 前者的重复单位长度为1～6 bp, 后者的重复单位长度在7 bp以上. 通过对中国明对虾884 kb总长度的随机基因组DNA序列的分析, 从中共找到了2159个串联分布的重复序列, 其中微卫星序列1714个, 占总重复序列的79.4%, 小卫星序列445个, 占总重复序列的20.6%. 这些重复序列的总长度为116685 bp, 占总序列的比例为13.2%, 其中微卫星序列长度占9.78%, 小卫星序列长度占3.42%. 依据重复序列数目的多少, 前20种重复序列类型依次是: AT(557个)、AC(471个)、AG(274个)、AAT(92个)、A(56个)、AAG(28个)、ATC(27个)、ATAG(27个)、AGG(18个)、ACT(15个)、C(11个)、AAC(11个)、ACAT(11个)、CAGA(10个)、AGAA(9个)、AGGG(7个)、CAAA(7个)、CGCA(6个)、ATAA(6个)、AGAGAA(6个). 其中两碱基重复序列, 无论是在数目还是在序列长度上, 都占有绝对的优势, 而五碱基重复序列的数目和种类都很少, 只发现了AGAGA, GAGGC, AAAGA 3种; 同时发现由7, 11, 13等数学上称为质数的长度重复单位所组成的重复序列的数目和种类都要比其两边的重复序列的种类和数量要少.

关 键 词：中国明对虾 基因组 序列分析 串联重复序列 序列长度 单位长度 DNA序列 微卫星序列 小卫星 序列类型 种类 碱基 

分 类 号：Q75[生物学—分子生物学]