雷蒙德氏棉EST-SSRs分布特征及开发与利用  

作　　者：王长彪[1] 郭旺珍[1] 蔡彩平[1] 张天真[1] 

机构地区：[1]南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室,南京210095

出　　处：《科学通报》2006年第3期316-320,共5页Chinese Science Bulletin

基　　金：国家自然科学基金（批准号：30471104,30270806）;教育部长江学者和创新团队项目;教育创新世纪优秀人才项目（批准号：NCET-04-0500）;江苏省人才基金（批准号：BK2003414）;江苏省高技术项目（批准号：BG2004305）资助.

摘　　要：微卫星或简单重复序列（simple sequence repeats，SSR）存在于表达序列标签（expressed sequence tags，ESTs）中．为了在棉花中开发EST—SSR功能性标记，利用生物信息学方法对NCBI网上公开的63485条雷蒙德氏棉（Gossypium raimondii Ulbrich）ESTs序列进行EST-SSRs特征分析．剔除冗余序列，得到非冗余序列58906条．在非冗余序列中发现含不同重复基元SSRs的EST序列有2620条，共2818个EST-SSRs，EST-SSRs序列的频率是4．45％，平均相隔14．8kb出现一个SSR．在1～6bp的重复基元中，三核苷酸重复基元的SSRs出现频率最高（38．31％），其次是二核苷酸（24．09％）、单核苷酸（23.35％）．对所有的重复基元类型进行统计分析发现，所占比例最大的是A/T（18．67％），其次是AT／TA（14．83％）．在复合型（compound）中发现三核苷酸串联三核苷酸的重复基元出现频率最高，为48．65％．利用Prime3软件，设计了1554对EST-SSRs引物，随机选用300对对本室四倍体作图亲本陆地棉TM-1和海岛棉海7124进行多态性检测，其中129对有多态性，多态性频率为43％．这些EST-SSRs将有效用于不同棉种间的分布特征比较及染色体定位等方面研究．

关 键 词：雷蒙德氏棉 EST-SSRS 分布 分子标记 多态性 

分 类 号：S562[农业科学—作物学]