相邻碱基组分与产生SNP的转换或颠换在植物基因组中的研究  

作　　者：赵辉[1] 李启寨[1] 李俊[1] 曾长青[1] 胡松年[1] 于军[1] 

机构地区：[1]中国科学院北京基因组研究所暨北京华大基因研究中心

出　　处：《中国科学（C辑）》2006年第1期1-8,共8页Science in China(Series C)

基　　金：国家863计划(批准号:2003AA231050);国家自然科学基金面上项目(批准号:10371126);"十五"国家重大科技专项(批准号:2002BA711A09)资助

摘　　要：碱基替换突变是形成物种多态性和造成生物进化的根本原因之一.近年的研究表明:基因组的碱基组分在不同程度上与碱基替换突变的发生相关.以水稻全基因组3611007个SNPs(包括45462个编码区SNPs和242811个内含子区SNPs)和拟南芥全基因组32019个SNPs为研究对象,研究突变位点周围的碱基A&T(A和T)的使用频率和点突变类型的相关性,结果表明:水稻和拟南芥全基因组上转换和颠换的比值(Ts/Tv)以及紧邻突变位点(上下游各1个碱基)上A&T碱基的个数负相关.统计了6种SNP的AT2(直接相邻的碱基是A或T的个数)和AT0(直接相邻碱基是C或G的个数),发现水稻和拟南芥都是C/G型SNP的AT2/AT0值最大,说明C/G型SNP可能受直接临近区域上A&T碱基的影响最大.在水稻全基因组SNPs中,A&T碱基影响突变的范围局限在突变位点上下游2个碱基内.拟南芥A&T碱基影响其全基因组SNPs的范围不超过上下游4个碱基.

关 键 词：点突变 单碱基多态性 替换 替换偏差 转换 颠换 

分 类 号：Q943[生物学—植物学] S828.2[农业科学—畜牧学]