基于后缀树思想构造Web生物数据搜索的数据模型  

Creating a data model based on suffix trees for searching biological databases on the web

作　　者：喻钧[1] 王长元[1] Sven Schuierer 喻萌[3] 

机构地区：[1]西安工业学院计算机科学与工程学院 [2]Institut fuer Informatik Albert-Ludwigs-Universitaet Freiburg,79110 Freiburg Germany [3]中国航空工业第一集团公司飞行自动控制研究所

出　　处：《西安工程科技学院学报》2006年第2期206-209,共4页Journal of Xi an University of Engineering Science and Technology

摘　　要：针对Web上的公共生物学数据资源,提出一种适合于在线搜索生物学数据的数据模型.该模型基于后缀树思想,通过建立生物体的DNA、RNA、蛋白质序列数据的后缀树结构,并将之转化为更加空间有效的后缀数组,然后搜索数组以找到查询序列的近似匹配.结果表明,这种数据模型比常规的线性搜索模型在时间和空间开销上更加高效.One data model used for searching public biological databases on the web is proposed. It is based on an idea of suffix trees. In order to find out approximate matches of a query sequence within a sequence database of DNA, RNA or protein, a suffix tree of the database is created, as well as converted into a suffix array. As a result, this kind of data model is more time efficiency and more space reduction than nomal linear model.

关 键 词：生物学数据库 搜索 后缀树 后缀数组 

分 类 号：TP311.12[自动化与计算机技术—计算机软件与理论] G354.4[自动化与计算机技术—计算机科学与技术]