后缀数组

作品数：54被引量：84H指数：4
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基于优化BWT索引技术的序列比对算法研究
《南京师范大学学报（工程技术版）》2024年第4期37-45,共9页胡春玲 赵俊杰 姚梦媛 高欢欢 朱艺杭 汪少鸿 
国家自然科学基金青年项目(62306100);安徽省教学研究重大项目(2023jyxm0558).
生物信息学中,大规模的生物基因序列比对是最重要的基础问题.针对主流的BWT(burrows-wheeler transform)索引技术的研究,提出一种新的多阶混合BWT索引方法MD-BWT(multi difference cover mod3 burrows-wheeler transform),根据待比对序...
关键词：长序列比对 BWT索引 DC3 后缀数组 
基于诱导排序的藏文后缀数组构建算法
《中央民族大学学报（自然科学版）》2024年第2期32-39,共8页张学通 彭展 
西藏自治区自然科学基金(XZ202101ZR0089G)。
后缀数组、BWT、LCP数组是进行全文索引和文本压缩的重要数据结构,BWT和LCP数组通常由构造完成的后缀数组计算而来。基于诱导排序的SAIS算法是最快的后缀数组构造算法之一,本文对SAIS进行改进后提出了藏文后缀数组算法ITSBL,在诱导产生...
关键词：诱导排序 藏文 后缀数组 
基于并行化诱导排序快速实现Burrows-Wheeler变换算法
《电脑知识与技术》2024年第11期36-38,共3页窦岩 
为解决生物序列比对算法中主流索引技术Burrows-Wheeler变换(BWT)构建索引效率低的问题,文章提出了一种利用并行化诱导排序改进BWT索引构建的方法。首先,该研究充分发挥诱导排序的线性时间复杂度优势,高效地建立后缀数组。其次,基于此,...
关键词：BWT索引 后缀数组 诱导排序 并行化 
基于BSDiff的改进远程增量更新方案被引量：1
《电子科技》2022年第7期52-57,共6页陈迪荣 包晓安 杜鹏 胡逸飞 苏鸿斌 
国家自然科学基金(6207050141);浙江省自然科学基金青年基金(LQ20F050010);浙江省重点研发计划项目(2020C03094)。
传统的增量更新方案跨版本更新性能弱,需要生成并下发多个增量更新包,导致终端设备更新效率低。针对这一问题,文中提出一种基于BSDiff的改进远程增量更新方案。该方案优化了更新服务端的固件管理方式,利用BSDiff差分算法即时生成唯一增...
关键词：服务端 终端 固件 更新 增量 BSDiff 后缀数组 压缩 
一种灵活的精度可控的可搜索对称加密方案被引量：3
《计算机研究与发展》2020年第1期3-16,共14页李西明 陶汝裕 粟晨 黄琼 黄欣沂 
国家自然科学基金优秀青年科学基金项目(61822202);国家自然科学基金项目(61872152,61872409);广东省自然科学基金杰出青年基金项目(2014A030306021);广东省特支计划科技创新青年拔尖人才项目(2015TQ01X796);广东省基础与应用基础研究重大项目(2019B030302008)This work was~~
中查找到关键词记录的这3种搜索情况.同时,系统也结合3种搜索设计了一种模糊增强搜索进一步增强系统的实用性.FASSE方案的具体实现语言是Java编程开发语言,并且最终实验得出FASSE在https://eprint.iacr.org/complete/的论文数据集中平...
关键词：可搜索对称加密 后缀数组 LF映射 SubLF映射 FM索引 BWT转换 
增强型稀疏后缀数组索引的高错误率reads比对被引量：1
《小型微型计算机系统》2019年第8期1804-1808,共5页韦好 钟诚 
国家自然科学基金项目(61462005)资助;广西自然科学基金项目(2014GXNSFAA118396)资助
生物序列比对有助于定位序列之间的相似区域.测序技术的快速发展需要序列比对算法能够灵活地处理更长且错误率更高的reads序列.通过增强型稀疏后缀数组对参考序列建立索引,自适应地调整种子的最小长度,寻找参考序列与reads序列之间的最...
关键词：序列比对 增强型稀疏后缀数组 索引 最大精确匹配 
变阶马尔科夫模型算法实现
《计算机系统应用》2018年第4期10-17,共8页王兴 吴艺 林劼 卓一帆 
国家自然科学基金(61472082);福建省自然科学基金(2014J01220)
如何快速有效对历史数据进行统计建模和规律挖掘具有重要意义.鉴于模型在实际数据挖掘应用的局限及马尔科夫模型的良好统计特性,设计实现了基于后缀数组和后缀自动机的变阶马尔科夫模型.算法在后缀树形结构实现的基础上,引入后缀链,实...
关键词：马尔科夫模型 变阶马尔科夫模型 字典树 后缀数组 后缀自动机 
基于GPU的大规模基因片段并行匹配的方法被引量：1
《四川大学学报（自然科学版）》2017年第2期280-286,共7页丁莎 赵士元 林涛 
四川省科技厅支撑项目(2012GZ0091;2013GZX0138);四川大学青年教师科研启动基金(2015SCU11050)
后缀树和后缀数组广泛用于生物信息学领域中,特别是通过启发式算法在对DNA基因片段进行匹配的阶段.本文提出了在GPU的平台下,利用多核和超多核体系构成的后缀树以及后缀数组并行匹配大规模基因片段,从而加速基因搜索匹配过程.相对于后缀...
关键词：后缀数组 后缀树 GPU 基因片段匹配 并行 
一种基于后缀数组的三维机加工艺工序间模型轻量化文件压缩技术
《机械制造与自动化》2016年第4期24-27,共4页孔炤 倪中华 刘晓军 郑磊 
国家自然科学基金资助项目(51405081);江苏省科技成果转化项目(BA2014114;BA2015126);中央高校基本科研业务费专项资金资助
针对三维机加工艺工序间模型轻量化文件较大不便于网络传输的问题,通过对三维机加工艺工序间几何模型进行研究,建立了一种对三维机加工艺工序间模型重复三角面片数据的匹配共用方式,并利用后缀数组的方法实现匹配过程的效率优化,并最终...
关键词：三维机加工艺 后缀数组 文件压缩 
有效的Common Motif识别算法
《电脑知识与技术（过刊）》2016年第4X期164-168,共5页木妮娜.玉素甫 古丽娜.玉素甫 
新疆维吾尔自治区自然科学基金(No.2012211A056)
模体发现在揭示基因组水平上的基因表达调控规律以及在蛋白质序列中定位保守结构域中起着重要作用。本文提出一种在生物序列中识别Common Motif(公共模体)的算法。算法采用基于后缀数组或QSA数组的重复模式识别算法挖掘串中最大重复模...
关键词：模体发现 重复模式 约束条件 生物计算 后缀数组 
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