基于曙光4000A的BLAST并行算法  

Exploiting Parallelization of BLAST on Dawning 4000A

作　　者：谭光明[1,2] 徐琳[1,2] 周幼英[3] 冯圣中[1] 孙凝晖[1] 

机构地区：[1]中国科学院计算技术研究所 [2]中国科学院研究生院,北京100080 [3]浙江大学

出　　处：《计算机工程》2006年第10期45-46,49,共3页Computer Engineering

基　　金：国家自然科学基金资助项目(60372040);中科院知识创新工程重要方向项目(KSCX2-SW-233)

摘　　要：对BLAST启发式算法的实现做了优化:引入批处理的概念、并对整个库文件建立哈希表,实现了I/O延迟掩藏,提高了整个比对过程的速度,同时降低了内存消耗。优化的算法有利于并行化的实现:在并行系统中,将库文件广播到各个计算节点,由节点在局部分别建立哈希表。然后将查询文件分割发送到各个计算节点并行比对,计算结果可以在节点直接输出,不需要主结点收集,减少了通信开销。Through batch processing and building a database based hash table, optimized heuristic algorithm BLAST overlaps computation with I/O and speedup the process of alignment, besides it reduces the requirement of memory. Optimized BLAST is suitable to be parallelized. The whole database is broadcast to each computing node and database based hash tables are built. Then, query sequence segments are sent to each computing node and align with database in computing node. The cost of communication is reduced because the local alignment results are not necessary to be collected to sort.

关 键 词：BLAST 批处理 并行 集群 曙光4000A 

分 类 号：TP311[自动化与计算机技术—计算机软件与理论]