徐琳

作品数：4被引量：9H指数：2
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供职机构：中国科学院计算技术研究所更多>>
发文主题：并行计算高性能SSE2可重构计算专用计算机更多>>
发文领域：自动化与计算机技术理学生物学电子电信更多>>
发文期刊：《计算机研究与发展》《计算机工程》《计算机工程与应用》《计算机学报》更多>>
所获基金：国家自然科学基金中国科学院知识创新工程重要方向项目更多>>
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基于曙光4000A的BLAST并行算法被引量：2
《计算机工程》2006年第10期45-46,49,共3页谭光明 徐琳 周幼英 冯圣中 孙凝晖 
国家自然科学基金资助项目(60372040);中科院知识创新工程重要方向项目(KSCX2-SW-233)
对BLAST启发式算法的实现做了优化:引入批处理的概念、并对整个库文件建立哈希表,实现了I/O延迟掩藏,提高了整个比对过程的速度,同时降低了内存消耗。优化的算法有利于并行化的实现:在并行系统中,将库文件广播到各个计算节点,由节点在...
关键词：BLAST 批处理 并行 集群 曙光4000A 
基于SSE2的Smith-Waterman算法被引量：2
《计算机工程与应用》2006年第11期85-87,共3页戴正华 张庆丹 徐琳 谭光明 冯圣中 
国家自然科学基金资助项目(编号:60372040)
Smith-Waterman动态规划算法是生物信息学使用最广泛的序列匹配算法,由于存在严重的数据依赖关系,该算法的细粒度数据并行性开发受到了很大限制。文章从简化数据依赖关系出发,采用前驱计算思想,提出了基于X86处理器多媒体指令集SSE2的Sm...
关键词：Smith-Waterman 算法 细粒度并行算法 SIMD SSE2 
面向FPGA的RNA二级结构预测并行算法研究被引量：2
《计算机学报》2006年第2期233-238,共6页徐琳 李晓民 谭光明 刘新春 卜东波 冯圣中 孙凝晖 
中国科学院知识创新工程重大项目基金(KSCX2-SW-223);国家自然科学基金(60403025)资助~~
动态规划是RNA二级结构预测最主要的算法,文中提出一种对动态规划矩阵采用分块技术的细粒度并行算法,通过对数据依赖关系的分析,引入了流水的策略,提高了算法的效率.在时钟模拟器上验证了算法的正确性,获得了一系列关于并行加速比、空...
关键词：RNA 二级结构预测 FPGA 并行 流水 
曙光4000H生物信息处理专用计算机的高性能算法研究被引量：3
《计算机研究与发展》2005年第6期1053-1058,共6页冯圣中 谭光明 徐琳 孙凝晖 徐志伟 
国家自然科学基金项目(60372040);中国科学院重大创新工程基金项目(KSCX2SW233)
曙光4000H生物信息处理专用计算机基于现代计算机体系结构和可重构计算器件,分别通过IO延迟隐藏、细粒度并行以及并行流水等技巧优化设计了BLAST、动态规划、RNA二级结构预测等有代表性的3类算法,并开发C模拟器进行了性能评价,结果表明...
关键词：可重构计算 生物信息学 高性能计算 
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