戴正华

作品数:2被引量:17H指数:2
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供职机构:中国科学院计算技术研究所更多>>
发文主题:串匹配SSE2并行计算GPU图形处理器更多>>
发文领域:自动化与计算机技术生物学理学更多>>
发文期刊:《计算机工程与应用》《计算机应用》更多>>
所获基金:国家自然科学基金中国科学院知识创新工程重要方向项目更多>>
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基于GPU的串匹配算法研究被引量:15
《计算机应用》2006年第7期1735-1737,共3页张庆丹 戴正华 冯圣中 孙凝晖 
国家自然科学基金资助项目(60372040);中国科学院知识创新工程重大项目(KSCX2-SW-223)
BF算法是串匹配算法中最基础的算法,但它是串行算法,不适合图形处理器(GraphicProcessing Unit,GPU)的体系结构。结合GPU的特殊体系结构,通过数据存取方式和计算策略的改进,充分利用了GPU的并行处理能力,从而基于GPU实现了BF算法。实验...
关键词:图形处理器 通用计算 串匹配 并行 
基于SSE2的Smith-Waterman算法被引量:2
《计算机工程与应用》2006年第11期85-87,共3页戴正华 张庆丹 徐琳 谭光明 冯圣中 
国家自然科学基金资助项目(编号:60372040)
Smith-Waterman动态规划算法是生物信息学使用最广泛的序列匹配算法,由于存在严重的数据依赖关系,该算法的细粒度数据并行性开发受到了很大限制。文章从简化数据依赖关系出发,采用前驱计算思想,提出了基于X86处理器多媒体指令集SSE2的Sm...
关键词:Smith-Waterman 算法 细粒度并行算法 SIMD SSE2 
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