基于后缀列的基因序列最大串联重复查找技术(英文)  

Technique of locating maximal tandem repeats in genomic sequences based on the suffix array

作　　者：王晓敏[1] 王正志[1] 

机构地区：[1]国防科技大学自动控制系,长沙410073

出　　处：《生物信息学》2006年第2期72-75,共4页Chinese Journal of Bioinformatics

摘　　要：重复序列分析在全基因组研究中起着重要作用,其首要任务就是在DNA序列中识别并定位所有的重复结构。本文提出了一种新的算法,此算法基于一种简单的数据结构后缀数,用于查找给定的DNA序列中所有的最大串联重复。并且在该算法的基础上编写了一个有效实用的软件RepLocate,同时给出了它应用到已知的DNA序列的实例。The repeat analysis plays an important role in the study of complete genomes. The basic task of repeat analysis is to identify and loeate the periodic patterns. In this paper we present a new algorithm to locate all maximal tandem repeats in DNA sequence, which is based on a simple data structure called suffix array. A new program named RepLocate is developed and applied to real DNA sequences.

关 键 词：最大串联重复 后缀阵 基因组序列 

分 类 号：TP311[自动化与计算机技术—计算机软件与理论]