哺乳动物驱动蛋白的计算基因组学分析与鉴定  

作　　者：薛宇[1] 刘丹[1] 符传孩[1] 窦震[1] 周庆[1] 姚雪彪[1] 

机构地区：[1]中国科学技术大学细胞动力学实验室及合肥微尺度物质科学国家实验室,合肥230027

出　　处：《科学通报》2006年第14期1654-1665,共12页Chinese Science Bulletin

基　　金：国家自然科学基金(批准号:39925018,30270293和30121001);中国科学院知识创新工程(批准号:KSCX2-2-01);国家重点基础研究发展计划(批准号:2002CB713700);国家高技术研究发展规划(批准号:2001AA215331);教育部博士点基金(批准号:20020358051)资助项目.

摘　　要：提供了一种新颖的、基于比较基因组学方法的全长驱动蛋白预测方法(full-lengthkinesinpredictionprogram,FKPP),用于哺乳动物中驱动蛋白质组的鉴定与研究.之前的预测认为,哺乳动物共含94个驱动蛋白,而用FKPP从哺乳动物的基因组中总共鉴定出134个可能的驱动蛋白基因.基于数据库中存在的片段序列,用FKPP鉴定出25个可能的全长驱动蛋白.此外,用FKPP方法发现人的动点马达蛋白CENP-E应包含2701个氨基酸,而不是当初根据克隆预测的2663个氨基酸.通过对CENP-E的cDNA进行重测序,并同时采用特异性识别FKPP预测的CENP-E多肽抗体予以实验评估,结果表明,FKPP预测的CENP-E氨基酸序列是正确的.为此,本研究利用FKPP对哺乳动物的驱动蛋白进行了重新分类.鉴于目前公共数据库含有较多非全长序列的蛋白片段,FKPP可提供一个具有显著效率且准确新颖的全长序列预测手段,用于驱动蛋白以及其他蛋白家族的分子鉴定.

关 键 词：驱动蛋白 比较基因组学 CENP-E 全长驱动蛋白预测方法(FKPP) 

分 类 号：Q78[生物学—分子生物学]