应用最大似然法检测丙肝病毒包膜蛋白编码基因的适应性进化  

作　　者：张文娟[1] 张原[1] 钟扬[1,2] 

机构地区：[1]复旦大学生命科学学院 [2]上海生物信息技术研究中心,上海201203

出　　处：《科学通报》2006年第16期1894-1899,共6页Chinese Science Bulletin

基　　金：国家重点基础研究发展计划（批准号：2002CB512801,2003CB715904）资助项目.

摘　　要：非同义-同义置换速率比值(dN/dS)是藉蛋白质编码序列评价选择压力的一种重要测度,而基于密码子置换模型的最大似然法业已成为检测承受正选择的氨基酸位点及适应性进化的统计分析工具.本研究应用最大似然法分析了丙型肝炎病毒的包膜蛋白编码序列,从全世界18个常见的基因型/亚型中,发现了4个正选择/适应性位点.由于这些氨基酸位点位于不同的免疫表位,本研究结果具有潜在的生物医学价值,同时表明最大似然法可以作为一种检测高分歧度病毒蛋白中适应性进化存在与否的有效手段.

关 键 词：适应性进化 最大似然法 正选择 丙型肝炎病毒 包膜蛋白 

分 类 号：R373[医药卫生—病原生物学]