根据基因表达谱筛选间接互作蛋白质进行蛋白质功能预测  

Filtering indirect interaction proteins by gene expression profiles for protein function predictions

作　　者：高磊[1] 朱明珠[1] 郭政[1] 李霞[1] 

机构地区：[1]哈尔滨医科大学生物信息学系,哈尔滨150086

出　　处：《生物信息学》2006年第3期105-108,共4页Chinese Journal of Bioinformatics

基　　金：国家自然科学基金(30370798;30170515;30370388)资助项目;国家863计划(2003AA2Z2051;2002AA2Z2052)资助项目;黑龙江科技攻关重点(GB03C602-4)资助项目;哈尔滨市科技攻关(2003AA3CS113)资助项目;黑龙江自然科学基金(F0177)资助项目;哈医大211工程"十五"建设项目

摘　　要：利用基因表达谱数据,通过计算互作蛋白质的表达相关系数,来筛选、优化蛋白质互作网络。结果显示,利用经过筛选的互作数据,根据邻居计数法和卡方法进行功能预测的预测效果明显提高,距离待测蛋白质较远的邻居也包含着与待测蛋白质功能一致的信息。Correlation coefficient of gene expression profiles for each pair of interaction proteins is calculated to filter the protein interaction network. Results show that the fimction prediction performances of both neighboring counting and chi - square methods could be improved with the filtered data, and the neighbors connected indirecdy also have the consistent functional information for the protein to be predicted.

关 键 词：蛋白质互作 基因表达谱 基因功能 预测 相关 

分 类 号：Q51[生物学—生物化学]