利用GeneHub软件多角度分析基因功能相关与表达相关的联系  

Multiple Analysis of the Relationship between Correlation of Gene Function and Expression by GeneHub Software

作　　者：王晨光[1] 郭政[1,2,3] 李霞[1,2,3] 余辉[1] 徐建震[1] 

机构地区：[1]哈尔滨医科大学生物信息学研究室 [2]哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院,哈尔滨150001 [3]哈尔滨基太生物芯片开发有限责任公司,哈尔滨150090

出　　处：《生物医学工程学杂志》2006年第6期1157-1161,共5页Journal of Biomedical Engineering

基　　金：国家自然科学基金资助项目(39970397;30170515;30370388);国家863计划资助项目(2002AA222052;2003AA2Z2051);黑龙江科技攻关重点资助项目(GB03C602-4);哈尔滨市科技攻关资助项目(2003AA3CS113);黑龙江自然科学基金资助项目(F0177);211工程"十五"建设项目

摘　　要：我们研制的GeneHub软件可以用来评价基因功能分类体系中各个功能单元的表达相关性的显著性,从而筛选与实验条件相关的功能单元。采用不同的相似性测度与不同的数据集,使用GeneHub研究了分别按染色体定位、蛋白质细胞位置与互作、代谢通路、信号传导通路等五个方面分类的基因的表达相关性,结果显示按照这些不同的方面分类的基因显著共表达,并且这种共表达现象往往受相关实验条件影响。为基因表达谱分析中广泛采用的假设“功能相关的基因表达相关”提供了进一步的实验证据。GeneHub software developed by us can be applied to evaluate the significance of expression similarity of genes in each functional unit of different gene function classification systems, and thus to select experiment condition related gene functional units. With different expression similarity measurement and different experiment data, we have applied GeneHub to analyze the expression correlation of functional related genes classified respectively with gene chromosome location, celluar location and interaction, metabolic pathway and signal transduction pathway relationship of protein products of genes. Genes classified according to these multiple ways all showed significant experimental condition related co-expression in our analysis. Our results provide further evidence for the assumption that functional related genes express similarly, which is widely adopted in gene expression profile analysis.

关 键 词：基因芯片 基因表达 基因功能 相关 数据库 

分 类 号：R319[医药卫生—基础医学]