从SNP到标签SNP的算法实现与讨论  

The Implementation and Discussion of Algorithm from SNP to Tag SNP

作　　者：裴志利[1] 梁艳春[1] 卢奕南[1] 曹忠波[1] 孔英[2] 

机构地区：[1]吉林大学计算机科学与技术学院教育部符号计算与知识工程重点实验室 [2]大连医科大学生物化学与分子生物学系,辽宁大连116027

出　　处：《内蒙古民族大学学报（自然科学版）》2006年第6期623-626,共4页Journal of Inner Mongolia Minzu University：Natural Sciences

基　　金：国家自然科学基金项目(60433020);国家自然科学基金项目(30400162);吉林省科学技术发展计划项目(20050705-2);国家教育部博士点基金项目(20030183060);吉林大学"985"项目;吉林省科技发展应用基础项目(20040531);内蒙古民族大学科研基金资助项目(2004A20)

摘　　要：由于对全部的SNP位点都进行基因分型的成本过于昂贵,而少量的标签SNP就能够提供与全部1500万个SNP位点大致相同的图谱信息.因此,如何选择标签SNP就显得十分重要.本文中所实现的选择标签SNP的算法是以连锁不平衡(Linkage Disequilibrium,LD)为基础的.Because genetyping all the SNP sites cost too much, a spot of tag SNP can provide map information which is approximately the same as more than 15 million SNP sites. Therefore, how to select tag SNP seems to bevery important. This article mainly carries out the algorithm finding tag SNP from SNP based on Linkage Disequilibrium（LD）.

关 键 词：SNP 单体型 标签SNP LD R^2 

分 类 号：TP18[自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]