采用柔性分子对接技术模拟蛋白质在疏水作用色谱上的保留行为  

作　　者：周鹏[1] 田菲菲[1] 李志良[1,2] 

机构地区：[1]重庆大学化学化工学院 [2]化学生物传感与计量学国家重点实验室,长沙410082

出　　处：《中国科学（B辑）》2007年第3期267-273,共7页Science in China(Series B)

基　　金：国家863计划(批准号:2006AA02Z312)化学生物传感与计量学国家重点实验室基金(批准号:0501201)资助项目

摘　　要：将蛋白质与疏水作用色谱(HIC)固定相相互作用分为直接非键/构象作用和蛋白质表面疏水效应两个热力学过程,从而定量给出了处于浓盐析盐水溶液中HIC保留时间与配基/蛋白质结合自由能之间的二元线性关系.通过ICM柔性分子对接策略及遗传算法(GA)对27个已知晶体结构的蛋白质与疏水配基的可能结合方式进行模拟和分析,所得结果与实验观测情况吻合良好.研究表明,蛋白质局部疏水效应以及配基与蛋白质的非键/构象作用皆对HIC色谱保留行为影响显著,且作用区域多集中于蛋白质表面突出部位.

关 键 词：疏水作用色谱 柔性分子对接 遗传算法 蛋白质 盐溶因子 

分 类 号：O629.73[理学—有机化学]