基于改进马尔可夫模型的启动子预测算法  

A Promoter Identification Algorithm Based on the Improved Markov Model

作　　者：孔帆帆[1] 李宏[1] 李号双[1] 尹翔[2] 

机构地区：[1]中南大学信息科学与工程学院,湖南长沙410083 [2]中南大学生物医学工程研究院,湖南长沙410008

出　　处：《计算机工程与科学》2007年第12期82-84,86,共4页Computer Engineering & Science

摘　　要：本文实现了基于马尔可夫模型的启动子预测算法,结合隐马尔可夫模型中的前向算法,改进了基于马尔可夫理论的启动子预测方法,具体改进了碱基转移概率的算法和序列所在模型的概率。改进的马尔可夫模型的预测结果显示,以此模型建立的系统能更有效地识别数据集中的三种序列。This paper implements the promoter identification algorithm using the Markov Model. The improved promoter prediction method is based on the forward algorithm of the Hidden Markov Model. It upgrades the algorithm of basic radical transition probability and the probability of patterns in various kinds of arrays. The prediction results of the improved Mark- ov model show that the system can identify the three sequences effectively.

关 键 词：启动子识别 马尔可夫模型 前向算法 

分 类 号：TP301.6[自动化与计算机技术—计算机系统结构]